Naslov
Računalna Analiza Regulatora Izrezivanja u Egzonima
(Computational Analysis of Exonic Splicing Regulators)

Autori
Pinto, Sofia ; Stojanović, Ozren ; Vlahoviček, Kristian

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, pp prezentacija, znanstveni

Izvornik
50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj / - , 2008

Skup
50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj

Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 20.11.2008. - 21.11.2008

Vrsta sudjelovanja
Predavanje

Vrsta recenzije
Nije recenziran

Ključne riječi
egzoni; regulatori; izrezivanje
(exons; regulators; splicing)

Sažetak
Prepoznavanje egzona uvjet je za ispravno izrezivanje introna u pretečama mRNA u stanicama sisavaca. Jezgrinom aparatu za izrezivanje u tome pomažu serinsko-argininski proteini koji se specifično vežu za kratke regije u egzonima, zvane “pojačivači izrezivanja“. Gubitak takvog regulatora u egzonu može uzrokovati stvaranje konačne mRNA bez tog egzona i sintezu nepotpunog proteina. Predviđanje pojačivača u egzonima čovjeka moguće je pomoću dva neovisna bioinformatička alata, ali procjena biološke važnosti predviđenih motiva vrlo je nesigurna. Izradili smo internetski poslužitelj ESE Analyzer koji pruža mogućnost poboljšane procjene biološke važnosti predviđenih regulatora na temelju sravnjenja paralognih egzona kod čovjeka, usporedbi očuvanja regulatora izrezivanja u sravnjenim sljedovima, te integraciji podataka o egzonima iz različitih izvora. Grafički prikaz rezultata sadrži lako dostupne informacije o regulatorima izrezivanja i kontekstu što olakšava fokusiranje samo na određene ESE. Istraživali smo i raširenost pojave da evolucijska očuvanost pojačivača ima prednost pred promjenom ili očuvanošću aminokiselinskog slijeda. U tu svrhu, napravljena je sveobuhvatna analiza poravnatih transkripata za svaku Interpro domenu koja je anotirana u genomu čovjeka u genomskoj bazi Ensembl. Odabrali smo nekoliko primjera gdje se vidi očuvanost ESE regulatora ili ekvivalentna kompenzacija jačim egzonskim granicama. Ne postoji striktno pravilo ili model koji ESE slijede s obzirom na varijaciju u egzonskom kontekstu.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA