Naslov
Modeliranje auksinskih molekula i njihove interakcije s veznim proteinom - ABP 1
(Molecular modelling of auxin molecules and their interactions with binding protein – ABP1)

Autori
Bertoša, Branimir

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
26.04

Godina
2007

Stranica
122

Mentor
Tomić, Sanja

Ključne riječi
auksin ; ABP1 ; klasifikacija auksina ; 3D-QSAR model ; simulacije molekulskom dinamikom ; simulacije izlaska/ulaska liganda ; signalizacijski mehanizam
(auxin ; ABP1 ; classification of auxins ; 3D-QSAR ; molecular dynamics ; simulations of ligand egress/entrance from the receptor binding site ; signalling pathway)

Sažetak
Primjenom 3D-QSAR metode provedena je klasifikacija 92 molekule prema auksinskoj aktivnosti. Pored strukturnih obilježja u obzir je uzeta i mogućnost molekule da dospije do veznog mjesta receptora. Pri tome su korištene logP i logD vrijednosti izračunate standardnim programima, ali i vlastitim modelima izgrađenim za predviđanje koeficijenata razdjeljenja auksinskih molekula. Raspodjela logP i logD vrijednosti jasno ukazuje na utjecaj lipofilnosti molekula na njihovu biološku aktivnost. Konačni 3D-QSAR model omogućio je objašnjenje razlika u auksinskoj aktivnosti nekih, strukturno sličnih, molekula. Interakcije auksinskih molekula s veznim proteinom ABP1 istražene su algoritmom Monte Carlo, te simulacijama molekulske dinamike i simulacijama izlaska/ulaska liganda u vezno mjesto receptora. Na temelju rezultata računalnih simulacija (sveukupno 70-80 ns) postavljena je hipoteza o mehanizmu i ulozi ABP1 u auksinskoj signalizaciji koja je u skladu s eksperimentalnim podatcima. Prema toj hipotezi ABP1 je vanstanični auksinski receptor koji se može nalaziti u dvije konformacije koje se prvenstveno razlikuju u položaju C–kraja, a jedna od njih stabilizirana je vezanjem auksinske molekule. Simulacijama izlaska/ulaska liganda u vezno mjesto ABP1 nađeni su putevi u proteinskoj strukturi kojima se auksinska molekula služi za ulazak i izlazak iz aktivnog mjesta.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

POVEZANOST RADA