Pregled bibliografske jedinice broj: 394579
Algoritmi za utvrđivanje fleksibilnosti proteina na temelju konformacije i fizikalnih svojstava proteina
Algoritmi za utvrđivanje fleksibilnosti proteina na temelju konformacije i fizikalnih svojstava proteina, 2008., doktorska disertacija, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
CROSBI ID: 394579 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Algoritmi za utvrđivanje fleksibilnosti proteina na temelju konformacije i fizikalnih svojstava proteina
(Algorithms for determination of protein flexibility based on conformations and physical properties of protein)
Autori
Šikić, Krešimir
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija
Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Mjesto
Zagreb
Datum
29.09
Godina
2008
Stranica
169
Mentor
Jeren, Branko
Neposredni voditelj
Tomić, Sanja
Ključne riječi
fleksibilnost; protein; obradba informacija; kompleksni sustav; poravnavanje; analiza normalnog moda; apriori metoda; aposteriori metoda; protein data bank (PDB); razredovanje
(flexibility; protein; information processing; complex system; alignment; normal mode analysis; apriori method; aposteriori method; protein data bank (PDB); clustering)
Sažetak
Tema ovog rada je proučavanje fleksibilnosti proteina. U cilju proučavanja fleksibilnosti proteina u radu su predložene dvije nove metode za utvrđivanje fleksibilnosti. Metode su apriori i aposteriori. Prva metoda identificira fleksibilne i rigidne domene u proteinu na temelju karakteristika jednog prostornog oblika korištenjem kompleksnih modela i aproksimacija. Druga metoda se temelji na usporedbi dvaju prostornih oblika istog proteina. Prva metoda je točnija iz razloga što uzima u razmatranje dva prostorna oblika, ali nije uvijek upotrebljiva. Druga metoda se može uvijek primijeniti jer zahtijeva samo jedan prostorni oblik. Usporedbom rezultata dobivenih korištenjem ovih metoda dokazano je da je apriori dovoljno točna kako bi se mogla koristiti u budućim istraživanjima. Temeljem apostreriori metode napravljen je testni skup koji je moguće koristiti za testiranje novih metoda za određivanje fleksibilnosti. Kako obradba informacija u ovom radu ovisi o PDB zapisima napravljena je i sveobuhvatna usporedba PDB zapisa dobivenih različitim tehnikama. Na ovaj način su utvrđene razlike u zapisima koje mogu utjecati na istraživanja.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Računarstvo
POVEZANOST RADA
Projekti:
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Jeren, Branko, MZO ) ( CroRIS)
098-1191344-2860 - Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama (Tomić, Sanja, MZOS ) ( CroRIS)
Ustanove:
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb,
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb
