Naslov
Codon usage bias in metagenomes

Autori
Lucić, Vedran ; Perica, Tina ; Roller Milošević, Maša ; Vlahoviček, Kristian

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Skup
50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj

Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 20.11.2008. - 21.11.2008

Vrsta sudjelovanja
Poster

Vrsta recenzije
Nije recenziran

Ključne riječi
metagenomi; kodoni; bioinformatika
(metegenomes; codon; bioinformatics)

Sažetak
Nejednako korištenje istoznačnih kodona je prevladavajuće obilježje kod prokariota u kojem se sinonimni kodoni koriste različitom učestalošću među različitim vrstama ili čak između gena unutar istog genoma. Ovo je obilježje povezano sa zastupljenošću tRNA u stanici i može se koristiti za predviđanje razine ekspresije proteina na način da usporedimo frekvencije korištenja kodona s referentnim setom kućepaziteljskih gena. Cilj našeg istraživanja je otkriti obrasce korištenja kodona unutar metagenomskih sekvenci i provjeriti prisutnost nejednakog korištenja istoznačnih kodona na razini mikrobnih zajednica. Istražili smo učestalost korištenja sinonimnih kodona u tri metagenomska uzorka i pokazali da: a) različiti metagenomi iskazuju različite obrasce korištenja kodona, i b) genske se funkcije unutar metagenoma s visokom ekspresivnošću (u usporedbi s meta-ribosomalnim setom) podudaraju s ekološkim zahtjevima okoliša, što upućuje da se različite vrste unutar mikrobnih zajednica zaista ponašaju poput meta-genoma.

Izvorni jezik
Engleski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA