Pregled bibliografske jedinice broj: 386414
Topološke i dinamičke značajke signalnog puta aktivacije T-stanice
Topološke i dinamičke značajke signalnog puta aktivacije T-stanice // 50 godina molekulane biologije u Hrvatskoj / Zahradka, Ksenija ; Plohl, Miroslav ; Ambriović-Ristov, Andreja (ur.).
Zagreb: Institut Ruđer Bošković, 2008. (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni)
CROSBI ID: 386414 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Topološke i dinamičke značajke signalnog puta aktivacije T-stanice
(Topological and dynamic properties of the TCR activated signal transduction networks)
Autori
Tušek, Ana ; Kurtanjek, Želimir
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni
Izvornik
50 godina molekulane biologije u Hrvatskoj
/ Zahradka, Ksenija ; Plohl, Miroslav ; Ambriović-Ristov, Andreja - Zagreb : Institut Ruđer Bošković, 2008
ISBN
978-953-6690-78-7
Skup
50 godina molekulane biologije u Hrvatskoj
Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 20.11.2008. - 21.11.2008
Vrsta sudjelovanja
Poster
Vrsta recenzije
Domaća recenzija
Ključne riječi
T-stanica; prijenos signala; topologija mreže; analiza osjetljivosti
(T-cell; signal transduction; network topology; sensitivity analysis)
Sažetak
Ispitane su topološke značajke signalnog puta za aktivaciju T-stanice na osnovu matrice povezanosti mreže. Primijenjeni su numerički postupci određivanja razvoja singularnih vrijednosti (SVD) nul-prostora reakcija i komponenata (proteina), te izračunavanjem ekstremnih puteva za predviđanje fenotipova signalne mreže. Analizirani model uključuje vezanje antigena na receptor T-stanice koji dovodi do kaskade molekularnih interakcija koje za posljedicu imaju aktivaciju stanice. U radu je korišten računalni sustav za modeliranje molekularnih procesa u stanici CellDesigner i SBToolbox za numeričko računanje. Model opisuje rane događaje u aktivaciji T-stanice a uključuje također i Erk-MAPK signalni modul. Simulacijom modela se prati promjena stanja proteina i proteinskih skupina tijekom vremena aktivacije. Parametri TCR modela imaju značajan utjecaj na izlazni signal ( broj aktivnih Erk* proteina u stacionarnom stanju) koji je odgovoran za poticanje transkripcije. Uzimajući u obzir netočnost kinetičkih podataka prvo je upotrijebljena analiza lokale osjetljivost koja se zasniva na Taylorovom razvoju. Osim toga primijenjena je i analiza globalne parametarske osjetljivosti temeljena na slučajnom uzorkovanju parametara u širokom intervalu vrijednosti i pridruživanjem parametra i frekvencije. Rezultati su razlučeni primjenom Fourierove analize (FAST Fourier Amplitude Sensitivity Test). Cilj analize je odrediti ključne parametre modela.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Biotehnologija
POVEZANOST RADA
Projekti:
058-1252086-0589 - Matematičko modeliranje, optimiranje i upravljanje biotehnoloških procesa (Kurtanjek, Želimir, MZOS ) ( CroRIS)
Ustanove:
Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb
