Naslov
Otkriće i dizajn novih lijekova pomoću računalnih programskih paketa ClustScan i CompGen
(ClustScan and CompGen for in silico drug design and discovery)

Autori
Starčević, Antonio ; Žučko, Jurica ; Diminić, Janko ; Long, Paul F. ; Cullum, John ; Hranueli, Daslav

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj : Zbornik sažetaka / Zahradka, Ksenija ; Plohl, Miroslav ; Ambriović-Ristov, Andreja - Zagreb : Institut Ruđer Bošković, 2008, 13-13

ISBN
978-953-6690-78-7

Skup
50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj

Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 20.11.2008. - 21.11.2008

Vrsta sudjelovanja
Predavanje

Vrsta recenzije
Nije recenziran

Ključne riječi
poliketidi; aktinobakterije; genske nakupine; genomi; metagenomi
(polyketides; Actinobacteria; gene-clusters; genomes; metagenomes)

Sažetak
Poliketidi su važna skupina prirodnih spojeva koji se upotrebljavaju u farmaceutskoj industriji. U javnim bazama podataka danas postoji veliki broj sekvenciranih poliketidnih (PKS) genskih nakupina nepoznatih produkata i njihov broj raste eksponencijalno sa svakim novo sekvenciranim genomom aktinomiceta. Mi smo razvili programski paket ClustScan za analizu sekvencija DNA i anotaciju modularnih PKS genskih nakupina. Budući da se predviđanja temelje na prepoznavanju bitnih aminokiselina, a ne na sličnosti sekvencija, program uspješno predviđa potpuno nove genske nakupine. ClustScan ispisuje predviđene kemijske strukture u obliku izomeričkih zapisa SMILES (engl. "Simplified Molecular Input Line Entry System") i dopušta daljnje analize kemijskim računalnim programima. Razvili smo i programski paket CompGen koji generira potencijalne rekombinante između PKS genskih nakupina. Pohranjene su u posebnoj bazi podataka koja povezuje sekvencije DNA s biosintetskim redoslijedom i tako omogućava predviđanje kemijskih struktura novih spojeva. CompGen pokazuje da je malen broj mjesta za homolognu rekombinaciju između PKS genskih nakupina i zbog toga generira odabranu skupinu kemijskih spojeva koja imitira one u prirodi. ClustScan i CompGen omogućuju potragu za genskim nakupina što sadržavaju genetičku uputu za nove kemijske spojeve u genomima i metagenomima koji bi mogli postati lijekovima budućnosti. Funkcionalnost će programa biti ilustrirana prikladnim primjerima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo, Biotehnologija

POVEZANOST RADA