Naslov
Kloniranje i analiza bakterijskog gena tuf iz fitoplazmama zaražene vinove loze
(Cloning and analysis of the bacterial gene tuf from the grapevine infected with phytoplasmas)

Autori
Kuzmanić, Antonija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
29.09

Godina
2008

Stranica
53

Mentor
Škorić, Dijana

Neposredni voditelj
Šeruga Musić, Martina

Ključne riječi
fitoplazma; gen za elongacijski faktor Tu; molekularna varijabilnost; PCR; RFLP; sekvenciranje; nespecifično umnožavanje
(phytoplasma; elongation factor Tu gene; molecular variability; PCR; RFLP; sequencing; non-specific amplification)

Sažetak
Fitoplazme su bakterije bez stanične stijenke iz razreda Mollicutes čiji životni ciklus uključuje dva domaćina - insekte i biljke. Kod velikog broja gospodarski važnih biljaka izazivaju niz bolesti te značajne ekonomske gubitke. Nije ih moguće uzgojiti in vitro na hranjivoj podlozi te se njihova detekcija i klasifikacija temelji na polimorfizmu gena za 16S rRNA, najčešće korištenjem metoda lančane reakcije polimerazom (polymerase chain reaction, PCR) te polimorfizma duljine restrikcijskih fragmenata (restriction fragment length polymorphism, RFLP). Za klasifikaciju određenih izolata analiza navedenog gena nije dovoljna te se analiziraju i dodatne konzervirane regije kao što su geni za ribosomske proteine, gen secY i gen tufB. Iz simptomatičnih uzoraka vinove loze s područja Hrvatske umnožen je dio gena tufB (oko 850 pb) pomoću specifičnih fitoplazmatskih početnica fTufu/rTufu. RFLP-analiza tih PCR-produkata otkrila je prisutnost nespecifičnog umnožavanja. Cilj ovog rada bio je otkriti porijeklo primijećenog nespecifičnog umnožavanja. PCR-produkti odabranih uzoraka su klonirani i sekvencirani. Dobiveni sljedovi su analizirani te je pretragom nukleotidne baze podataka algoritmom BLAST utvrđeno da nespecifično umnožavanje dijeli 79% identiteta i 100% pokrivenosti sa slijedom gena tufB bakterije Terrimonas ferruginea koja živi u tlu. Pretpostavlja se da nespecifično umnožavanje potječe iz istog gena srodne bakterije. Filogenetske analize nukleotidnih i aminokiselinskih sljedova provedene pomoću računalnog programa MEGA potvrdile su nesrodnost fitoplazmatskih sljedova sa slijedom nespecifičnog umnožavanja.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA