Naslov
Dinamički model odaziva središnjeg metabolizama Escherichia coli na impuls glukoze
(Dynamic model of Escherichia coli central metabolism response upon glucose impulse)

Autori
Čerić, Sonja

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
Podatak o recenziji nije dostupan

Godina
2005

Stranica
55

Mentor
Kurtanjek, Želimir

Ključne riječi
E. coli; kinetički model; analiza metaboličkih tokova
(E. coli; kinetic model; metabolic flux analysis; rapid sampling)

Sažetak
Ovaj rad se temelji na eksperimentalnim podacima iz literature (Degenring, 2004) dobivenim metodom brzog uzorkovanja sa E. coli izloženom impulsu glukoze. Napravljena je simulacija modela centralnog metabolizma E. coli pomoću programskog sustava W.R. Mathematica upotrebom krute integracijske metode NDSolve. Početni kinetički model preuzet je iz literature (Degenring et. al., 2004). Rezultati simulacije početnog modela pokazali su značajno odstupanje od eksperimentalnih podataka za pojedine metabolite. Kako bi se predvidjele moguće problematične reakcije u početnom modelu provedena je dinamička analiza metaboličkih tokova. Zatim je na osnovi rezultata dinamičke analize metaboličkih tokova početni model korigiran. Unesene izmjene uključuju dvije nove reakcije (fosfoenol-piruvat karboksikinaza i konverzija piruvata u biomasu), izmjenu kinetičkih izraza za tri reakcije (PTS, fosfoglukoza-izomerazu i aldolazu) i prilagodbu kinetičkih parametara nizom simulacijskih pokusa. Rezultati simulacije novog modela pokazuju značajno bolje slaganje sa eksperimentalnim podatcima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biotehnologija

Napomena
79/05

POVEZANOST RADA