Naslov
Optimizacija metode SSCP u analizi fitoplazmatskog gena za 16S rRNA
(Optimization of SSCP method in analysis of the phytoplasma 16S rRNA gene)

Autori
Plavec, Jelena

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
21.12

Godina
2007

Stranica
41

Mentor
Škorić, Dijana

Neposredni voditelj
Šeruga Musić, Martina

Ključne riječi
fitoplazme; gen za 16S rRNA; molekularna varijabilnost; SSCP; stolbur
(phytoplasmas; 16S rRNA gene; molecular variability; SSCP; stolbur)

Sažetak
Fitoplazme su prokarioti bez stanične stijenke iz razreda Mollicutes čiji životni ciklus uključuje dva domaćina – biljku i kukca. Ovi patogeni uzrokuju više stotina gospodarski značajnih biljnih bolesti širom svijeta. Nije ih moguće uzgojiti na umjetnim podlogama in vitro, pa se istraživanja i klasifikacija ovih patogena temelje većinom na polimorfizmu visokokonzerviranog gena za 16S rRNA. Metode koje se rutinski koriste u detekciji i identifikaciji fitoplazmi su lančana reakcija polimerazom (Polymerase Chain Reaction ; PCR) i polimorfizam duljina restrikcijskih fragmenata (Restriction Fragment Lenght Polymorphism ; RFLP). Analiza polimorfizma konformacije jednolančane DNA (single-strand conformation polymorphism ; SSCP) relativno je brza i jednostavna metoda kojom je moguće uočiti mutacije unutar neke populacije molekula DNA. Cilj ovog rada bio je pronaći optimalne uvjete za SSCP-analizu fragmenata gena za 16S rRNA fitoplazmi pripadnika skupine stolbur (16SrXII-A). Fragmenti veličine 510 pb dobiveni su amplifikacijom iz ekstrakata vinove loze porijeklom iz Republike Hrvatske i Republike Makedonije. Optimalnom izvedbom pokazala se ona koja se odvijala pod sljedećim uvjetima: 14%-tni poliakrilamidni gel uz prisustvo 5%-tnog glicerola, pH-vrijednost elektroforetskog pufera od 8, 3 uz odvijanje elektroforeze trajanju od 7, 5h pri 4&ordm ; ; C nakon čega slijedi bojanje gelova srebrom. Na taj način bilo je moguće razlikovati blisko srodne fitoplazme te je utvrđena prisutnost molekularne varijabilnosti gena za 16S rRNA koja nije detektirana rutinskom analizom RFLP. Metoda SSCP je ekonomična, brza i precizna te se osobito primjenjiva u analizi velikog broja uzoraka.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA