Naslov
Polimorfizam konformacije jednolančane DNA kao pokazatelj različitosti među izolatima fitoplazmi
(SSCP analysis as a new tool for detection of phytoplasma molecular variability)

Autori
Šeruga Musić, Martina

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
28.06

Godina
2007

Stranica
102

Mentor
Krajačić, Mladen

Ključne riječi
filogenetska analiza; gen za 16S rRNA; gen tuf; molekularna varijabilnost; SSCP; stolbur
(16S rRNA gene; phylogenetic analysis; polymorphism; stolbur; sequence; tuf gene)

Sažetak
Fitoplazme (genus ‘ Candidatus Phytoplasma') su bakterije bez stanične stijenke, iz razreda Mollicutes. Kao unutarstanični patogeni reduciranog genoma naseljavaju floem biljaka, a nalazimo ih i u kukcima. Nije ih moguće uzgojiti na umjetnom mediju pa se detekcija i klasifikacija fitoplazmi oslanja prvenstveno na raznolikost gena za 16S rRNA i određivanje njegova nukleotidnog slijeda. Pri rutinskim analizama većeg broja uzoraka, ovakav pristup može biti dugotrajan, skup i neprikladan. Analiza polimorfizma konformacije jednolančane DNA (single-strand conformation polymorphism, SSCP) relativno je brza i jednostavna metoda kojom je moguće uočiti mutacije unutar neke populacije molekula DNA. Cilj ove disertacije bio je utvrditi mogućnost primjene analize SSCP kao novog pristupa u istraživanjima molekularne varijabilnosti fitoplazmi. Istraživanje je obuhvatilo 70 izolata fitoplazmi vinove loze, pripadnika ribosomske podskupine 16SrXII-A (stolbur/'Ca. P. solani'), te je provedeno na 4 fitoplazmatske regije: dijelu gena za 16S rRNA, genu tuf, pseudogenu dnaB te genu plsC. Fragmenti umnoženi lančanom reakcijom polimerazom podvrgnuti su analizi SSCP pri uvjetima optimiziranim za fragmente različitih duljina. Analiza SSCP pokazala se uspješnom u otkrivanju polimorfizama koje nije moguće detektirati uobičajenom analizom RFLP, u sljedovima gena za 16S rRNA, gena tuf i pseudogena dnaB. Vjerodostojnost analize SSCP potvrđena je višestrukim sravnjivanjem odabranih reprezentativnih sekvenci različitih profila te njihovom filogenetskom analizom uz primjenu više računalnih programa. Analiza SSCP kao nova metoda u istraživanjima molekularne varijabilnosti fitoplazmi ima mnoge prednosti u odnosu na rutinski korištenu metodu RFLP. Brža je, jeftinija i jednostavnija, te ja kao takva osobito prikladna za probiranje (screening) pri rutinskim detekcijama velikog broja uzoraka.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA