Naslov
Računalna analiza horizontalnog prijenosa gena unutar metagenoma
(Computational analysis of horisontal gene transfer in metagenomes)

Autori
Buljan, Marija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
13.07

Godina
2006

Stranica
47

Mentor
Vlahoviček, Kristian

Ključne riječi
horizontalni prijenos gena; metagenomika; upotreba kodona; klasteri ortolognih grupa; MILC
(horizontal gene transfer; metagenomics; codon usage; clusters of orthologous groups; MILC)

Sažetak
Napredak tehnologije sekvenciranja omogućio je nove pristupe istraživanju genoma, a rast broja sekvenciranih genoma nove spoznaje o evoluciji živog svijeta. U ovom radu analiziran je primarni slijed gena iz genomskog uzorka cjelokupnog okoliša (metagenoma) Sargaškog mora s obzirom na obrasce upotrebe kodona. Pronađene su tri funkcijske kategorije gena u kojima su obrasci upotrebe kodona značajno slični i za koje se može pretpostaviti da su se geni koje te kategorije sadrže raširili horizontalnim prijenosom unutar okoliša. Također je pokazano da su obrasci upotrebe kodona u genima metagenoma Sargaškog mora znatno homogeniji (manje varijabilni) u usporedbi s istim skupinama gena iz različitih okoliša.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo

POVEZANOST RADA