Naslov
Računalna klasifikacija obrazaca smatanja proteina
(Computational classification of protein folds)

Autori
Karlić, Rosa

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
24.04

Godina
2006

Stranica
59

Mentor
Vlahoviček, Kristian

Ključne riječi
struktura proteina; obrazac smatanja proteina; klasifikacija proteina; računalna analiza
(protein structure; protein fold; protein classification; computational analysis)

Sažetak
Međusobna prostorna udaljenost svih Cα atoma u proteinu karakteristika je tercijarne strukture proteina i može se upotrebljavati za rekonstrukciju obrasca smatanja proteina. U ovom radu analizirala sam distribucije međusobnih udaljenosti svih Cα (i)-Cα (i+n) atoma u proteinu koji su u linearnom slijedu proteina udaljeni za više od dva aminokiselinska ostatka (n ≥ 3). Analizirani su proteini koji pripadaju različitim kategorijama klasifikacije obrazaca smatanja proteinskih struktura prema CATH bazi podataka. Vizualnom analizom rezultata utvrđeno je da postoji korelacija između distribucije prostorne udaljenosti Cα atoma i međusobne topološke sličnosti različitih proteina te da se distribucija prostorne udaljenosti Cα atoma može koristiti kao metoda određivanja međusobne sličnosti obrazaca smatanja proteina.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo

POVEZANOST RADA