Naslov
Razvoj računalnih programa za automatsko pronalaženje modula i domena neribosomalnih peptid sintetaza
(Development of computer programs to automatically find modules and domains of non-ribosomal peptide synthetases)

Autori
Široka, Vilson

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
29.11

Godina
2005

Stranica
52

Mentor
Hranueli, Daslav

Ključne riječi
Baze podataka EMBL i VCL; računalni jezik PERL i projekt BioPerl; neribosomsomalni peptidi; moduli i domene
(EMBL and VCL databases; computer language PERL and project BioPerl; non-ribosomal peptides; modules and domains)

Sažetak
Neribosomsomalno sintetizirani peptidi su sekundarni mikrobni metaboliti, koji predstavljaju veliku i raznovrsnu skupinu biološki aktivnih prirodnih spojeva. Njihov biosintetski put započinje uzastopnom kondenzacijom jednostavnih građevnih jedinica (aminokiselina), te dovodi do izgradnje peptidnih lanaca određenih dužina katalitičkim djelovanjem sintetaza neribosomsomalnih peptida (NRPS). Znanstvenici su do sada klonirali i sekvencirali vrlo velik broj NRPS-a, no njihove funkcionalnosti i krajnji proizvodi većinom nisu poznati. Sekvenciranje svih tih genskih nakupina ukazuje na mogućnost modeliranja procesa rekombinacije između modularnih sintetaza u uvjetima in silico. To bi pružilo mogućnost predviđanja kemijskih struktura novonastalih supstancija. U ovom je diplomskom radu, za potrebe tog projekta, izrađen novi računalni program "AutoNRPS", kojem je svrha analiza i detaljno opisivanje nedovoljno opisanih NRPS sustava. računalni program "AutoNRPS" popunjava bazu podataka VCL sekvencijama DNA i proteina modula i domena iz prethodno nedovoljno detaljno opisanih NRPS sustava.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Biotehnologija

POVEZANOST RADA