Naslov
Strukturne odlike nekih lipaza iz bakterija roda Streptomyces
(Structural features of some lipases from bacteria of genus Streptomyces)

Autori
Leščić Ašler, Ivana

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
11.10

Godina
2005

Stranica
124

Mentor
Kojić-Prodić, Biserka ; Luić, Marija

Ključne riječi
lipaza ; Streptomyces ; analiza sekvencije ; aktivno mjesto ; disulfidni mostovi ; bioinformatika ; spektrometrija masa
(lipase ; Streptomyces ; sequence analysis ; active site ; disulfide bridges ; bioinformatics ; mass spectrometry)

Sažetak
Sekvencije poznatih lipaza iz bakterija roda Streptomyces uspoređene su i klasificirane (1. skupina: lipaza iz S. rimosus, 2. skupina: lipaze iz S. exfoliatus, S. coelicolor i S. albus G, 3. skupina: lipaza iz S. cinnamomeus). Analiza sekvencija metodama bioinformatike pokazala je da su ove lipaze mali enzimi (24-28 kDa), s pI u kiselom području (osim lipaze iz S. exfoliatus). Lipaza iz S. cinnamomeus izdvaja se visokim sadržajem kiselih i niskim sadržajem polarnih aminokiselina. Predviđena je visoka stabilnost lipaze iz S. cinnamomeus. Usporedba sa sličnim enzimima riješene 3D-strukture ukazuje da disulfidne mostove imaju lipaza iz S. rimosus te lipaze druge skupine, dok ih lipaza iz S. cinnamomeus vjerojatno nema. Identificirane su aminokiseline aktivnog mjesta (katalitičke trijade i oksianionske šupljine) za sve analizirane enzime. Predviđen je raspored elemenata sekundarne strukture i dani su trodimenzionalni modeli za sve proučavane lipaze. Molekulska masa lipaze iz Streptomyces rimosus određena je pomoću SDS-PAGE (28 kDa), kapilarne elektroforeze na čipu (31, 2 kDa) i MALDI MS (24 166 Da). Za sekvencije ovog enzima izoliranog iz soja divljeg tipa i prekomjerno eksprimirajućeg soja pokazano je da su jednake i da odgovaraju sekvenciji predviđenoj iz sekvencije gena, usporedbom molekulskih masa i karakterističnih spektara peptida dobivenih cijepanjem enzima iz oba izvora tripsinom i mravljom kiselinom, te sekvenciranjem pojedinih triptičkih peptida, pomoću MALDI MS. Isti pristup analizi stabilnog kovalentnog kompleksa lipaze iz S. rimosus s 3, 4-diklorizokumarinom pokazao je da je katalitički serin ovog enzima Ser10. Usporedba karakterističnih spektara masa peptida dobivenih cijepanjem reduciranog i nereduciranog uzorka lipaze iz S. rimosus tripsinom i mravljom kiselinom nedvojbeno je potvrdila predviđenu shemu disulfidnih mostova: C27-C52, C93-C101, C151-C198.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija, Biologija

POVEZANOST RADA