аЯрЁБс>ўџ #%ўџџџ"џџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџьЅС7 №По bjbjUU .7|7|оџџџџџџl$$$$$$$88888 D 8/њ\\\\\\\\ЂЄЄЄЄЄЄ$) IfШ!$\\\\\Шl$$\\щlll\$\$\Ђl\Ђl"lŽ$$Ž\P €%U(vХ88bŽŽџ0/ŽЏ b Џ Žl88$$$$йMolecular Dynamics simulations of Auxin Binding Protein 1 Branimir Bertoaa,a Sanja Tomia and Darko Babia aRuer Boakovi Institute, P.O.B. 180, HR-10002 Zagreb, Croatia Auxins are the first identified plant hormones that regulate plant growth and affect many processes such are, cell division and elongation, apical dominance, autumnal loss of leaves, formation of buds, roots, flowers and fruit . Auxin Binding Protein 1 (ABP 1) has been known for decades as the protein that binds auxin-like molecules, but it's role in auxin signalling pathway has not been identified yet. Recently determined crystal structures of ABP1 (pdb code 1LR5) and of its complex with NAA (pdb code 1LR5) enable structural investigation of an auxin binding to ABP1. We performed a series of 5 ns long Molecular Dynamics (MD) simulations on ABP1 alone as well as on the complexes of ABP1 with an auxin, ABP1 with an antiauxin and on ABP1 with the compound that has auxin-like structure, but does not have any auxin activity. Results clearly show a pathway that enables water molecules to enter and leave the ABP1 active site. When there is no auxin-like molecule in the active site, water molecules coordinate the zinc ion, the central part of the ABP1 binding site. An auxin-like molecule replaces two water molecules from the Zn2+ coordination sphere and they are released. MD simulations also indicate some other roles that water molecules might have in binding of auxin-like molecules to the ABP 1 active site. tv˜šВДджикV\‘ " й о єёьшьсьшшьмйзвЬвм H*mH sH mH sH <aJmH sH  B*H*phEHH* B*phCJ5OJQJ\mH sH tvиXZ\‘й к л м н о іёщфмммзммфффdh$dha$$a$$dрa$$a$ Ц$ dр о §,1hА‚. АЦA!А‰"А‰#‰$‰%ААФАФ Ф i8@ёџ8 NormalCJ_HaJmH sH tH F@F Heading 2$$@&a$CJOJQJmH sH <A@ђџЁ< Default Paragraph Font4B@ђ4 Body Text$a$mH sH оџџџџо о о "';CDKNSTZ_dejmrs{ЎД“˜шэuxжлns‚‹ГИпффщЊЏррџџbranimir bertoaabranimir bertoaabranimir bertoaabranimir bertoaabranimir bertoaabranimir bertoaabranimir bertoaabranimir bertoaa Sanja Tomicbranimir bertoaa_C:\Documents and Settings\branimir\My Documents\ELAINE\PUTOVANJA\OPATIJA-SANJA\opatija_BB_1.docсрџ@€цц@фyююццо`` @џџUnknownџџџџџџџџџџџџGю‡z €џTimes New Roman5€Symbol3&ю ‡z €џArialCFю‡ŸComic Sans MS"p‰№аh\,—F\,—FЎ+—Fйж рў !№‰‰ДД20d№о 3ƒQ№мHџџ~Auxins are the first identified plant hormones that are rensponsible for regulations of several process in plant, such as planbranimir bertoaabranimir bertoaaўџр…ŸђљOhЋ‘+'Гй0 ˜ (4P\hx ”  М Ш д рьєќтAuxins are the first identified plant hormones that are rensponsible for regulations of several process in plant, such as planuxibranimir bertošarstranranNormalrbranimir bertošarst2anMicrosoft Word 9.0t@Œ†G@Дй~_Х@l vХ@l vХйжўџеЭеœ.“—+,љЎ0h hp|„Œ” œЄЌД М GтIRB №П Auxins are the first identified plant hormones that are rensponsible for regulations of several process in plant, such as plan Title ўџџџ ўџџџўџџџ !ўџџџ§џџџ$ўџџџўџџџўџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџRoot Entryџџџџџџџџ РF сb(vХ&€1Tableџџџџџџџџџџџџ WordDocumentџџџџџџџџ.SummaryInformation(џџџџDocumentSummaryInformation8џџџџџџџџџџџџCompObjџџџџjObjectPoolџџџџџџџџџџџџ сb(vХ сb(vХџџџџџџџџџџџџўџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџўџ џџџџ РFMicrosoft Word Document MSWordDocWord.Document.8є9Вq