Pregled bibliografske jedinice broj: 202597
INCA - računalni program za analizu upotrebe kodona i njegova primjena na prokariotske genome
INCA - računalni program za analizu upotrebe kodona i njegova primjena na prokariotske genome, 2004., diplomski rad, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
CROSBI ID: 202597 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
INCA - računalni program za analizu upotrebe kodona i njegova primjena na prokariotske genome
(INCA - codon usage analysis software, and its application to prokaryotic genomes)
Autori
Supek, Fran
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad
Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet
Mjesto
Zagreb
Datum
15.03
Godina
2004
Stranica
60
Mentor
Vlahoviček, Kristian
Ključne riječi
prokariotski genomi; računalni program; samo-organizirajuća mapa; upotreba kodona
(codon usage; computer software; prokaryotic genomes; self-organizing map)
Sažetak
INCA (INteractive Codon usage Analysis) je računalni program za analizu upotrebe sinonimnih kodona u čitavim genomima. Osim što računa frekvencije kodona, omogućuje izračun nekoliko mjera upotrebe kodona, kao što su 'codon bias', efektivni Nc i CAI. Glavna prednost ovog računalnog programa je interaktivni grafički prikaz izrašunatih vrijednosti koji pomaže da korisnik vizualno uoči trendove u korištenju kodona. Konačno, INCA uključuje i vrstu neuronske mreže, tzv. samo-organizirajuću mapu (SOM) koja može grupirati gene ovisno o njihovom odabiru kodona. Program je primijenjen na genome E. coli, P. aeruginosa, D. radiodurans i H. pylori.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo, Biotehnologija
