Naslov
Razvoj računalnih programa za automatsko pronalaženje novih sekvencija sintetaza poliketida i neribosomskih peptida
(Development of computer programs to automatically find new polyketide synthase and non-ribosomal peptide synthase sequences)

Autori
Zavišek, Karolina

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
11.03

Godina
2005

Stranica
50

Mentor
Hranueli, Daslav

Ključne riječi
Baze podataka EMBL i VCL; računalni jezici PERL i BioPerl; poliketidi; neribosomski peptidi
(EMBL and VCL databases; computer programs PERL and BioPerl; polyketides; non-ribosomal peptides)

Sažetak
Projekti sekvenciranja bakterijskih DNA (tj. genoma bakterija) ukazuju na prisustvo velikog broja genskih nakupina što sadržavaju genetičku uputu za biosintezu modularnih poliketida (PKS) i neribosimskih peptida (NRPS). Njihove funkcionalnosti i krajnji proizvodi većinom nisu poznati. Zbog toga su izrađena četiri računalna programa koji automatski pretražuju Europsku bazu podataka sekvencija DNA, EMBL. Ti programi prepoznaju nove potencijalne genske nakupine i popunjavaju bazu podataka VCL. U te je programe uklopljen računalni program BLAST. Taj program redovito pretražuje bazu podataka EMBL, i prepoznaje genske nakupine koje su nedavno dodane u bazu podataka. Nove se sekvencije DNA vizualno pretražuju da li sadržavaju potencijalne module PKS i NRPS. Na taj je način dokazano da su prisutni svi PKS ili NRPS geni. Izrađeni programski paket dakle pruža mogućnost brzog popunjavanja baze podataka VCL sa sekvencijama DNA genskih nakupina koje prethodno nisu detaljno opisane.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biotehnologija

POVEZANOST RADA