Naslov
Genomska karakterizacija hrvatskih izvornih pasmina ovaca
(Genomic characterization of the Croatian autochthonous sheep breeds)

Autori
Držaić, Ivana

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Agronomski fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
15.06

Godina
2022

Stranica
127

Mentor
Čubrić Čurik, Vlatka

Ključne riječi
genomska raznolikost ; izvorne pasmine ovaca ; konzervacijski status ; struktura populacije
(autochthonous sheep breeds ; conservation status ; genomic diversity ; population structure)

Sažetak
Svakim danom izumire sve veći broj životinja i nepovratno se gubi genetska raznolikost. Selekcijom na određena svojstva (povećanje proizvodnje, kvaliteta vune) životinje gube određenu razinu varijabilnosti. Izvorne pasmine su većinom nisko proizvodne životinje koje su prilagođene specifičnim uvjetima okoliša, te kao takve u pravilu imaju veću genetsku raznolikost. Hrvatske izvorne pasmine ovaca su otporne i izdržljive pasmine, s niskim proizvodnim svojstvima, ali prilagođene na oštre uvjete držanja. Sve izvorne pasmine ovaca spadaju u pramenka tip ili su nastale na osnovi pramenka tipa. U Hrvatskoj je priznato devet izvornih pasmina ovaca, a ovim doktorskim radom je obuhvaćeno njih osam: istarska ovca, creska ovca, krčka ovca, paška ovca, rapska ovca, dalmatinska pramenka, lička pramenka, i dubrovačka ovca. Osim hrvatskih izvornih pasmina ovaca u rad je uključeno 10 muflona iz Kalifronta te 21 javno dostupna europska pasmina s područja Mediterana ili istočne Europe. Ciljevi ovog doktorskog rada bili su utvrditi konzervacijski status hrvatskih izvornih pasmina ovaca, odrediti jedinstvenost genoma hrvatskih izvornih pasmina ovaca i pozicionirati hrvatske izvorne pasmine ovaca u mediteranski kontekst na temelju genotipskih podataka dobivenih s Infinium Ovine HD® SNP čipom koji sadržava 606 000 polimorfnih mjesta. Sve jedinke hrvatskih izvornih pasmina ovaca uspješno su genotipizirane visokorezolutnim SNP čipom te su pokazale visoku genetsku raznolikost. Analizom unutar i između populacijskih odnosa hrvatskih izvornih pasmina utvrđeno je da se pasmine dijele na otočke i kontinentalne obzirom na geografske barijere (more i planine). U otočke pasmine svrstale su se istarska ovca, krčka ovca, creska ovca, rapska ovca i paška ovca, dok su se u kontinentalne pasmine grupirale lička pramenka i dalmatinska pramenka te dubrovačka ovca. Ovakvu podjelu populacija pokazale su analize glavnih komponenti, Structure analiza, analiza Nei genetskih udaljenosti prikazana Neighbour Net mrežom kao i filogenetsko stablo dobiveno SplitsTree softverom. Structure analiza je dodatno pokazala veliku sličnost paške i rapske ovca kao i lička i dalmatinske pramenke. Hrvatske izvorne pasmine pokazale su nisku do srednju razinu genomskog inbridnga (FROH>2Mb = 0, 025 - 0, 056), jedino je kod dubrovačke ovce utvrđena nešto viša razina inbridinga od 0, 070. Kod dalmatinske i ličke pramenke te paške ovce utvrđena je visoka efektivna veličina populacije, dok je najmanja efektivna veličina populacije utvrđena kod krčke ovce. Gledano u širem mediteranskom kontekstu hrvatske izvorne pasmine ovaca grupirale su se zajedno s ostalim ovcama pramenka tipa i smjestile između istočno i zapadnoeuropskih ovaca. Uspoređujući hrvatske izvorne ovce s europskim pasminama utvrđeno je osam genomskih regija specifičnih za hrvatske izvorne pasmine.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Poljoprivreda (agronomija), Interdisciplinarne biotehničke znanosti

POVEZANOST RADA