Naslov
Validacija metode umnažanja lančanom reakcijom polimeraze u stvarnom vremenu za otkrivanje koronavirusa SARS-CoV-2 – preduvjet za kliničku primjenu i akreditaciju prema normi EN ISO 15189
(Validation of real-time polymerase chain reaction method for SARS-CoV-2 coronavirus detection- precondition for clinical application and accreditation according to standards EN ISO 15189)

Autori
Tkalčić Švabek, Željka ; Kurolt, Ivan Christian ; Kardum Paro, Mirjana Mariana

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, stručni

Izvornik
Biochemia medica 2022 ; 32(Suppl.1):A1-S232. / - : Hrvatsko društvo za medicinsku biokemiju i laboratorijsku medicinu (HDMBLM), 2022, S120-S121

Skup
10. kongres Hrvatskog društva za medicinsku biokemiju i laboratorijsku medicinu

Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 28.09.2022. - 01.10.2022

Vrsta sudjelovanja
Poster

Vrsta recenzije
Međunarodna recenzija

Ključne riječi
lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu, koronavirus SARS-CoV-2, akreditacija
(real-time polymerase chain reaction, SARS-CoV-2 coronavirus, accreditation)

Sažetak
Uvod: Prema Udruzi za molekularnu patologiju (Association for Molecular Pathology, AMP) validacija metode sukladno definiranim pokazateljima dokazuje i kritički procjenjuje prikladnost metode za rutinsku kliničku primjenu. Cilj je procijeniti prikladnost “in-house” metode umnažanja lančanom reakcijom polimeraze u stvarnom vremenu (RT-PCR) za otkrivanje akutne infekcije koronavirusom SARS-CoV-2 i akreditaciju metode prema normi EN ISO 15189. Materijal i metode: “In-house” RT-PCR (QuantStudio 3, Applied Biosystems, SAD) koristi specifične početnice i sonde (Thermo Fisher, USA) za probirni (E-Sarbeco) i potvrdni (RdRp) gen. Validacijom prema smjernicama AMP obuhvaćeni su analitički (granica detekcije (LoD), preciznost, točnost) i dijagnostički (osjetljivost, specifičnost, pozitivna prediktivna vrijednost (PPV), negativna prediktivna vrijednost (NPV)) pokazatelji. LoD je određen u uzorcima briseva oro-/nazofarinksa negativnih na SARS-CoV-2 (15) i replikatima (24) pozitivnih kontrolnih uzoraka (EURM-019 ssRNA, AmpliRun Coronavirus RNA control), a preciznost određivanjem kontrolnog uzorka (EURM-019 ssRNA ; 100 kopija/μl) u seriji i iz dana u dan (20). Točnost je određena na 11 uzoraka brisa oro-/nazofarinksa validacijskog panela (niske, srednje ili visoke koncentracije SARS-CoV-2). Rezultati ispitivanja potvrđeni su sudjelovanjem u programu vanjske procjene kvalitete (VKKR) (Labquality, Finska). Rezultati: LoD “in-house” RT-PCR od 1500 kopija/ ml je utvrđena u ≥ 95% ispitivanih uzoraka (15/15) sa prosječnim pragom bazne vrijednosti (Ct) 35, 3 za oba gena. Koeficijenti varijacije oba gena iznosili su 3, 02% i 2, 02% (preciznost u seriji) te 2, 22% i 3, 11% (preciznost iz dana u dan). Točnost rezultata “in-house” metode u usporedbi sa rezultatima referentne metode iznosila je 91%. Dijagnostička osjetljivost (86%), specifičnost (100%) i prediktivne vrijednosti (PPV 100%, NPV 80%) bile su visoke. Rezultati sudjelovanja u programu VKKR zadovoljili su sve kriterije organizatora. Zaključak: Validirana “in-house” metoda RT-PCR zadovoljava postavljene kriterije i analitičke i dijagnostičke kvalitete, prikladna je za rutinsku kliničku primjenu i akreditaciju prema normi EN ISO 15189.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kliničke medicinske znanosti

POVEZANOST RADA