Naslov
Predviđanje karakterističnih regija, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalnih struktura yapsinskih proteaza kvasca Saccharomyces cerevisiae
(Prediction of characteristic regions, posttranslational modification sites and three-dimensional structures of Saccharomyces cerevisiae yapsin proteases)

Autori
Gulan, Petra

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
01.09

Godina
2020

Stranica
35

Mentor
Stuparević, Igor

Ključne riječi
filogenetska analiza, homologno modeliranje, kvasac Saccharomyces cerevisiae, poravnanje, yapsini
(homology modeling, phylogenetic analysis, sequence alignment, yapsins, yeast Saccharomyces cerevisiae)

Sažetak
Yapsini kvasca Saccharomyces cerevisiae čine posebnu skupinu aspartatnih proteaza koja je usidrena u staničnu membranu ili stijenku preko GPI sidra. Uloge yapsina zasad su slabo istražene, ali je poznato da su važni za održavanje integriteta stanične stijenke. U ovome su radu korištene računalne metode kojima su na temelju aminokiselinskih sekvenci yapsina predviđene njihove karakteristične regije, mjesta posttranslacijskih preinaka i trodimenzionalne strukture. Predviđeni su položaji karakterističnih regija, kao što je signalni peptid, mjesto procesiranja, aktivno mjesto, mjesto vezanja GPI sidra i mjesta N-glikozilacije. Aminokiselinske sekvence yapsina su sravnjene kako bi se dobio uvid u očuvane regije. Filogenetskom analizom utvrđeno je kako Yps1-3 formiraju zasebnu granu filogenetskog stabla u odnosu na Yps6-7. Homolognim modeliranjem predviđene su trodimenzionalne strukture yapsina, koje karakterizira tzv. bilobalna struktura u kojoj su katalitički aspartatni ostatci različitih polutka orijentirani jedan prema drugome. Analize provedene u sklopu ovog rada olakšati će buduća in vivo istraživanja yapsina kvasca.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biotehnologija

POVEZANOST RADA