Naslov
Analiza ekspresije exosc10/Exosc10 u tkivima zebrice (Danio rerio) i embrionalnim fazama razvoja
(Analysis of exosc10/Exosc10 expression in zebrafish (Danio rerio) tissues and embryonic developmental stages)

Autori
Oreški, Leticija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
01.07

Godina
2019

Stranica
32

Mentor
Stuparević, Igor

Ključne riječi
Exosc10 exoribonuclease, zebrica (Danio rerio) ; qRT-PCR ; Western blot ; bioinformatika
(Exosc10 exoribonuclease, zebrafish (Danio rerio), qRT-PCR, Western blot, bioinformatics)

Sažetak
Cilj ovog rada bio je provesti analizu ekspresije gena exosc10 na razini mRNA na 8 različitih tkiva odraslih ženskih i muških jedinki zebrice (Danio rerio) i 9 faza embrionalnog razvoja u različitim vremenskim intervalima nakon oplodnje, upotrebom metode PCR-a u realnom vremenu. Exosc10 egzoribonukleaza je katalitička podjedinica RNA egzosoma koji se nalazi u svim eukariotskim stanicama i ima ulogu u procesiranju, kontroli kvalitete i degradaciji RNA u jezgri i citoplazmi. Kako bi se ti rezultati povezali s razinom proteina, provedena je Western blot metoda na lizatima muških i ženskih tkiva zebrice, korištenjem 2 različita primarna antitijela za koja je predviđeno da rade na zebrici. Provedeno je i detaljno pretraživanje genomskih databaza GeneBank i Ensembl kako bi se konstruiralo filogenetsko stablo i matrica homologije. To je, uz pomoć sintenijske analize, pokazalo da za Exosc10 kod zebrice postoji ortolog kod čovjeka, da su ti protein 60% identični među kralješnjacima te da je on evolucijski konzerviran među eukariotima. exosc10 je konstitutivno i diferencijalno eksprimiran u svim testiranim tkivima, bez značajne razlike između dva spola. Gonade oba spola i ranije faze embrionalnog razvoja pokazuju najveću ekspresiju. Za gonade su rezultati ekspresije na razini proteina u korelaciji s rezultatima na razini transkripta, ali bi se analiza trebala daje optimizirati kako bi se dobila preciznija interpretacija. Oba testirana antitijela su prvi puta korištena na zebrici te su se pokazala funkcionalnim. Konačno, analiza ekspresije gena c1d, mpp6, dis3, dis3l i dis3l2 na razini mRNA je također provedena, s obzirom na to da ti geni kodiraju za podjedinice RNA egzosoma te su tako povezani sa exosc10. Ti geni su također konstitutivno i diferencijalno eksprimirani u svim testiranim tkivima, ali je primijećena značajna razlika između spolova za c1d

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biotehnologija

POVEZANOST RADA