Naslov
Analiza sortirajućih neksina u transkriptomu i proteomu trombocita
(Analysis of sorting nexins in platelet transcriptome and proteome)

Autori
Sara Patačko

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Odjel za biotehnologiju

Mjesto
Rijeka

Datum
08.09

Godina
2022

Stranica
45

Mentor
Antonija Jurak Begonja

Neposredni voditelj
Antonija Jurak Begonja

Ključne riječi
trombociti, sortirajući neksini (SNX), transkriptom, proteom
(sorting nexins (SNX), transcriptome, proteome, platelets)

Sažetak
Proteinska homeostaza stanice, poznata kao proteostaza, je stanje stanice u kojem proteom omogućava njeno pravilno funkcioniranje, a naposlijetku i njenu vijabilnost. Mnogobrojni procesi uključeni u održavanje navedenog stanja osiguravaju da proteini budu sintetizirani u odgovarajućim koncentracijama, smotani u valjanim konformacijama te pravilno locirani u stanici. Jedna od mnogobrojnih obitelji proteina uključena u procese održavanja proteinske homeostaze jest obitelj sortirajućih neksina (eng. sorting nexins, SNX). Ovu skupinu proteina karakterizira prisutnost phox domene koja veže fosfolipide (phox, PX domena). Interakcijom PX domene s fosfatidilinozitol 3-monofosfatom (PI3P) na membranama endocitnog sustava dolazi do pravovaljane lokalizacije SNX te koordinacije unutarstaničnog prometa proteina. Njihova uloga u endocitnom sustavu jest usmjeriti proteine na recikliranje i povratak na površinu stanice ili potaknuti njihovu degradaciju u lizosomima.i Valja napomenuti kako pojedini članovi SNX obitelji uz PX domenu sadrže i druge domene koje doprinose sortiranju proteina. Prema tome koje funkcionalne domene sadrže, SNX se mogu podijeliti u sljedeće kategorije: SNX-PX, SNX-BAR, SNX-FERM, SNX-SH3, SNX-MIT, SNX-kinezin. Obzirom da su SNX uključeni u održavanje proteinske homeostaze ukoliko dođe do njihove disfunkcije posljedično dolazi do agregacije proteina ili do manjka istih što može dovesti do patoloških stanja. U ovom radu napravljen je pregled SNX koji su prisutni u mišjim i ljudskim trombocitima korištenjem dostupnih transkriptomskih i proteomskih baza. Proučene su konzistentnosti između vrsta koje potencijalno mogu poslužiti za buduća istraživanja. Dodatno je analizirana uspješnost dobivanja staničnih linija te mišjih modela sa delecijom odabranih SNX proteina izučavanjem dostupnih baza. Ovakav pregled omogućava bolje razumijevanje unutarstaničnog prometa proteina te uloge koju bi SNX mogli imati u nastanku ili funkciji trombocita.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Temeljne medicinske znanosti, Biotehnologija u biomedicini (prirodno područje, biomedicina i zdravstvo, biotehničko područje)

POVEZANOST RADA