Naslov
Računalna analiza dugih nekodirajućih RNA ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus)
(Computational analysis of long non-coding RNA in endemic cave sponge (Eunapius subterraneus))

Autori
Bodulić, Kristian

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
18.09

Godina
2020

Stranica
59

Mentor
Vlahoviček, Kristian

Ključne riječi
Nekodirajući dijelovi genoma ; Koljeno spužvi ; Transkriptom ; Transpozoni ; Očuvanost RNA
(Non-coding genomic elements ; Phylum Porifera ; Transcriptome ; Transposones ; RNA conservation)

Sažetak
Pojavom metoda sekvenciranja druge generacije, duge nekodirajuće RNA postale su vrlo zanimljiv predmet bioloških istraživanja. Njihove uloge dokazane su u velikom broju bioloških procesa, od kojih je najvažnije spomenuti regulaciju ekspresije brojnih gena. Ipak, ova skupina RNA još uvijek nije istražena u brojnim koljenima životinja, uključujući i spužve. Radi bolje karakterizacije navedene skupine RNA spužvi, u ovom istraživanju korištene su dvije sekvencirane knjižnice RNA primarnih kultura ogulinske špiljske spužvice. Serijom bioinformatičkih metoda u sastavljenim transkriptomima pronađen je velik broj dugih nekodirajućih RNA. Utvrđeno je postojanje brojnih sličnih svojstava dugih nekodirajućih RNA spužvi i drugih životinjskih koljena, uključujući izrezivanje introna, mogućnost alternativnog prekrajanja i pristranost u sastavu nukleotida. Također, ustanovljena je potencijalna uloga transpozona u nastanku dugih nekodirajućih RNA, kao i moguća uloga navedene skupine RNA u regulaciji ekspresije brojnih protein- kodirajućih gena. Isto tako, opisan je raznolik skup stabilnih sekundarnih struktura dugih nekodirajućih RNA. Na kraju, pronađena je relativno slaba očuvanost dugih nekodirajućih RNA u koljenu spužvi, pri čemu iznimku čini izrazito velika sličnost navedene skupine RNA ogulinske špiljske spužvice i srodne spužve Ephydatia muelleri, što baca novo svjetlo na raspravu o mogućnosti pogrešne klasifikacije ogulinske špiljske spužvice.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA