Naslov
Konformacijska pretraga strukturnih derivata azitromicina i njihovo molekulsko uklapanje u peptidil transferazni centar velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichie coli
(Conformational search of azithromycin structural derivatives and their docking into peptidyl- transferase center of Escherichia coli large ribosomal subunit)

Autori
Škevin, Sonja

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
16.06

Godina
2020

Stranica
62

Mentor
Bertoša, Branimir

Ključne riječi
makrolidi, računalna biologija, konformacijska pretraga Monte Carlo, molekulsko uklapanje
(macrolides, computational biology, Monte Carlo conformational search, molecular docking)

Sažetak
Makrolidni antibiotici u širokoj su upotrebi od pedesetih godina dvadesetog stoljeća. Tijekom njihove dugogodišnje upotrebe u medicini i veterini došlo je do pojave rezistencije. Cilj ovog diplomskog rada bio je istražiti vezanje deset strukturnih derivata azitromicina u regiju PTAR ribosoma bakterije Escherichia coli metodom molekulskog uklapanja. Prvi korak bio je pretražiti konformacijski prostor svakog liganda metodom Monte Carlo uz korištenje četiri različita modela otapala. Najzastupljeniji konformeri korišteni su kao početne strukture u računima molekulskog uklapanja u regiju PTAR bakterijskog ribosoma. Računima molekulskog uklapanja izračunat je afinitet svih deset liganada za vezanje u vezno mjesto PTAR bakterijskog ribosoma. S obzirom da se rezistencija na makrolide temelji na dimetilaciji A2058 ili A2058G supstituciji, pronađen je ligand s najvećim potencijalom za aktivnost protiv bakterija rezistentnih na makrolide. Kod tog liganda, pet pronađenih energijski najpovoljnijih načina vezanja ne ostvaruje interakcije s A2058. Analiza rezultata računa molekulskog uklapanja za svih deset liganada ukazala je na važnost π-π interakcija za stabilizaciju liganda u veznom mjestu. Predložena su tri nova liganda kod kojih bi potencijal za ostvarivanje π-π interakcija u veznom mjestu PTAR ribosoma bakterije Escherichia coli trebao biti još izraženiji.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija, Biologija

POVEZANOST RADA