Naslov
Istraživanje pH-ovisnih interakcija ljudskog albumina i kaprilne kiseline simulacijama molekularne dinamike
(Investigation of human albumin and caprylic acid interactions by molecular dynamics simulations)

Autori
Srezović Bijelić, Bruno

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
16.06

Godina
2020

Stranica
38

Mentor
Bertoša, Branimir

Ključne riječi
ljudski serumski albumin, kaprilna kiselina, molekularna dinamika, hidrofobne interakcije, vodikove veze, RMSD
(Human serum albumin, caprylic acid, molecular dynamics, hydrophobic interactions, hydrogen bonds, RMSD)

Sažetak
Taloženje kaprilnom kiselinom jedna je od metoda za uklanjanje nečistoća iz serumskih otopina. Naime, primijećeno je svojstvo kaprilne kiseline da pri određenim koncentracijama taloži albumin, dok imunoglobulini ostaju u otopini. Dosadašnja istraživanja ukazuju da dolazi do izravne interakcije između albumina i kaprilne kiseline u otopini, no mehanizam interakcije nije razjašnjen. Postojeći eksperimentalni podaci pokazuju da ova interakcija ima izraženu ovisnost o pH vrijednosti otopine. Cilj ovog diplomskog rada jest razjasniti mehanizam interakcije između kaprilne kiseline i ljudskog albumina koristeći računalne simulacije, u prvom redu simulacije molekularne dinamike. Korištenjem dostupnih kristalnih struktura ljudskog albumina izgrađeni su in slico modeli albumina i kaprilne kiseline na kojima su provedene simulacije molekularne dinamike. Simulacije su provedene na dvije pH vrijednosti, s protoniranim i deprotoniranim oblikom kaprilne kiseline, kako bi se razjasnili eksperimentalni podaci koji ukazuju na različite interakcije albumina i kaprilne kiseline pri različitim pH vrijednostima. Analizom rezultata simulacija istražene su nekovalentne interakcije u sustavima pri različitim pH vrijednostima otopine i njihov utjecaj na stabilnost albumina u prisutnosti kaprilne kiseline.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija, Biologija

POVEZANOST RADA