Naslov
Uloga konzerviranih domena MATH, BTB, i SPOP proteina BPM1 u interakciji s proteinima DMS3, RDM1 i HB6
(The role of conserved BPM1 protein domains MATH, BTB and SPOP in interaction with DMS3, RDM1 and HB6 proteins)

Autori
Karlo Miškec

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno matematički fakultet, Biološki odjel

Mjesto
Zagreb

Datum
16.09

Godina
2019

Stranica
118

Mentor
Dunja Leljak-Levanić

Neposredni voditelj
Lucija Markulin

Ključne riječi
put RdDM, kopurifikacija, inkluzijska tjelešca, optimizacija topivosti, delecija domena proteina
(RdDM pathway, copurification, inclusion bodies, solubility optimization, protein domain deletion)

Sažetak
Članovi proteinske porodice MATH-BTB sudjeluju u ubikvitinskom putu degradacije proteina kao adaptori E3 ligaze ovisne o kulinu 3 i odgovorni su za specifičnost prema ciljanom supstratu. U uročnjaku (Arabidopsis thaliana L.) postoji šest gena ove obitelji (BPM 1-6). Protein BPM1 uz domene MATH i BTB sadrži i konzerviranu domenu SPOP koja zajedno s domenom BTB sudjeluje u stvaranju proteinskih interakcija s kulinom 3. Domena MATH sudjeluje u selektivnim interakcijama s proteinima ciljanim za proteasomsku razgradnju. Takve interakcije utvrđene su između proteina BPM1 i nekih transkripcijskih faktora poput HB6 koji ima ulogu u odgovorima reguliranim apscizinskom kiselinom u biljnim stanicama. Preliminarna istraživanja su pokazala interakciju proteina BPM1 s proteinima DMS3 i RDM1 koji sudjeluju u metilaciji DNA posredovanoj molekulama RNA. U ovom radu interakcije proteinskih domena BPM1 s transkripcijskim faktorom HB6 i proteinima DMS3 odnosno RDM1 su analizirane metodom kopurifikacije „jedan na jedan“. Konstruirani su odgovarajući ekspresijski plazmidi, optimizirani su postupci poticanja ekspresije i pročišćavanja za svaki pojedini protein ili varijantu proteina te su eksprimirani i pročišćeni rekombinantni proteini iz kemijski transformiranih bakterijskih stanica. Interakcija proteina je provjerena hibridizacijom po Westernu i metodom SDSPAGE. Potvrđena je interakcija proteina BPM1 i DMS3 posredovana domenom MATH te interakcija BPM1 s RDM1 koja nije specifično posredovana niti jednom pojedinom domenom. Interakcija proteina BPM1 i HB6 nije dokazana uslijed degradacije proteina HB6

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Biotehnologija

POVEZANOST RADA