Naslov
Procjena koeficijenta inbridinga na temelju X kromosoma istarske i paške ovce
(Estimation of inbreeding coefficient based on X chromosome of Istrian and Pag sheep)

Autori
Shihabi, Mario ; Turkalj Katarina ; Mentor: Ferenčaković, Maja

Vrsta, podvrsta
Ostale vrste radova, rektorova nagrada

Godina
2021

Ključne riječi
X kromosom, istarska ovca, paška ovca, inbriding, koeficijent inbridinga
(X chromosome, Istrian sheep, Pag sheep, inbreeding, inbreeding coefficient)

Sažetak
Inbriding, odnosno parenje jedinki povezanih podrijetlom kvantificira se koeficijentom inbridinga (F). Srodne jedinke međusobno se križaju s ciljem fiksacije recesivnih alela što omogućuje ispoljavanje njihovih pozitivnih učinaka. Međutim, fiksacijom recesivnih alela ispoljavaju se i štetni učinci, što je primijećeno kod malih populacija domaćih životinja. S obzirom da su mnoga evolucijski i ekonomski važna svojstva djelomično određena genima na spolnom kromosomu X, neophodno ga je uključiti u procjenu koeficijenta inbridinga kod ženskih jedinki. Prema istraživanjima, X kromosomalni inbriding uz pozitivne učinke, povećava i frekvenciju štetnih spolno ograničenih alela te tako mijenja odnos spolova i povećava rizik od izumiranja vrste, tj. pasmine. Vrijednosti koeficijenta inbridinga, tradicionalno su procjenjivane na temelju rodovnika, međutim sve većom dostupnošću genomske informacije razvija se sve veći broj molekularnih metoda procjene koje nadopunjuju nedostatke. U ovom radu procijenjeni su koeficijenti inbridinga na autosomima i spolnom kromosomu X u populacijama istarske i paške ovce (68, odnosno 42 ženske jedinke) na temelju rodovnika te genomske informacije (50k SNP čip), koristeći 2 različite metode: ROH i FIS. Upotrebom studentovog t-testa i Pearson-ove korelacije uspoređene su spomenute metode procjene te autosomalni i X kromosomalni koeficijenti inbridinga. Također, ispitana je kompletnost rodovnika u obje populacije. U svim slučajevima molekularni koeficijenti su statistički značajno veći od koeficijenata inbridinga na temelju rodovnika, što uz niske ECG vrijednosti ukazuje na loše kompletnosti rodovnika. Kako bi se provela preciznija i pouzdanija analiza, prvenstveno je potrebno simulirati populaciju s dubokim rodovnikom i visokom gustoćom markera što bi svakako razjasnilo obrazac rekombinacije i nastajanja ROH segmenata na X kromosomu.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Poljoprivreda (agronomija), Interdisciplinarne biotehničke znanosti

POVEZANOST RADA