Pregled bibliografske jedinice broj: 1141489
Molekulsko modeliranje odnosa strukturnih svojstava i aktivnosti molekula s pomoću programskog jezika Python (prvi dio)
Molekulsko modeliranje odnosa strukturnih svojstava i aktivnosti molekula s pomoću programskog jezika Python (prvi dio) // Kemija u industriji : časopis kemičara i tehnologa Hrvatske, 67 (2018), 9-10; 409-419 doi:10.15255/kui.2017.052 (domaća recenzija, članak, stručni)
CROSBI ID: 1141489 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Molekulsko modeliranje odnosa strukturnih
svojstava i aktivnosti molekula s pomoću
programskog jezika Python (prvi dio)
(Molecular Modelling of the Quantitative Structure
Activity Relationship in Python (Part I))
Autori
Lovrić, Mario
Izvornik
Kemija u industriji : časopis kemičara i tehnologa Hrvatske (0022-9830) 67
(2018), 9-10;
409-419
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Radovi u časopisima, članak, stručni
Ključne riječi
QSAR ; Python ; Jupyter Notebook ; molekulsko modeliranje ; RDKit
(QSAR ; Python ; Jupyter Notebook ; molecular modelling ; RDKit)
Sažetak
Danas se količina podataka znatno povećava, a podatcima se pridaje sve veća vrijednost, kao i poznavanju njihove manipulacije i crpljenja vrijednih informacija. Poznat primjer crpljenja informacija je pretraživanje poznatih kemijskih spojeva i dizajniranje novih spojeva na osnovi znanja iz modela u svrhu istraživanja potencijalnih lijekova. Stoga je studentu kemije važno biti dobro pripremljen za trenutačno digitalno doba, gdje nije više dovoljno biti samo spretan u laboratoriju, nego je potrebno znati modelirati i raditi s podatcima. Ovaj rad pokriva osnove molekulskog modeliranja i QSAR-a te osnove rukovanja podatcima pomoću besplatnog programskog jezika Python i njegove biblioteke za molekulsko modeliranje RDKit. Ostale Pythonove biblioteke koje će se primjenjivati u radu su Pandas, za rukovanje i obradu svih vrsta podataka ; statsmodels, Numpy, Scipy i SKLearn za matematičke i statističke operacije te linearnu algebru i Matplotlib i Seaborn za ispisivanje grafova. Programski jezik Python je sa svojim navedenim bibliotekama integriran u program Anaconda. Anaconda korisniku omogućuje jednostavnu primjenu i upravljanje bibliotekama te upotrebu sučelja Jupyter Notebook za programiranje i ispis grafičkih prikaza i rezultata analiza. U ovom, prvom dijelu rada analizirat će se problem predviđanja topljivosti u vodi na skupu organskih kemijskih spojeva pomoću univarijatne linearne regresije. Cilj rada je približiti kemičarima programiranje u jeziku Python, primjenu njegovih biblioteka i praktično rješavanje problema u molekulskom modeliranju.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Kemija, Interdisciplinarne prirodne znanosti, Kemijsko inženjerstvo, Računarstvo, Interdisciplinarne tehničke znanosti
Citiraj ovu publikaciju:
Časopis indeksira:
- Web of Science Core Collection (WoSCC)
- Emerging Sources Citation Index (ESCI)
