Naslov
Prekomjerna ekspresija i biokemijska karakterizacija proteina dipeptidil-peptidaze III iz termofilne bakterije Caldithrix abyssi
(Heterologous expression and biochemical characterization of dipeptidyl peptidase III from anaerobic, thermophilic bacteria Caldithrix abyssi)

Autori
Sučec, Iva

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
17.07

Godina
2018

Stranica
56

Mentor
Matovina, Mihaela

Ključne riječi
Caldithrix abyssi ; dipeptidil-peptidaza III ; hidrolaza ; metalopeptidaza
(Caldithrix abyssi ; dipeptidyl peptidase III ; hydrolase ; metallopeptidase)

Sažetak
Dipeptidil-peptidaze III (DPPIII) su egzopeptidaze koje prema MEROPS bazi podataka pripadaju obitelji metalopeptidaza M49. Kako bi se okarakterizirala porodica DPPIII i kod termofilnih organizmima, za ovaj rad odabran je član porodice DPPIII iz anaerobne, termofilne bakterije Caldithrix abyssi koja se može naći u morskim hidrotermalnim izvorima. Primijećeno je da prvi motiv aktivnog mjesta proteina CaDPPIII sadrži pentapeptidni motiv 'HEISH' umjesto karakterističnog heksapeptidnog motiva 'HEXXGH', dok je drugi motiv potpuno očuvan. Provedena je heterologna ekspresija kodirajućeg slijeda proteina DPPIII s histidinskim i glutation-S-transferaznim privjeskom. Rekombinantni protein pročišćen je afinitetnom kromatografijom i gel-filtracijom. Proteinu CaDPPIII-His6 određena je izoelektrična točka (pI = 6, 12), te je nativnom gel-elektroforezom i izoelektričnim fokusiranjem pokazano postojanje dva različita strukturna oblika. Ispitivanje sintetskih supstrata peptidaza, pokazalo je značajnu hidrolitičku aktivnost enzima prema Arg-Arg-2-naftilamidu (Arg2-2NA), Gly-Arg-2NA, Phe-Arg-2NA i Pro-Arg-2NA. Ioni metala nemaju značajan utjecaj na peptidaznu aktivnost prema supstratu Gly-Arg-2NA. Najveća peptidazna aktivnost pokazana je kod pH = 7, 0 i kod temperatura od 55 ˚C do 65 ˚C. Potpunu inhibiciju enzimske aktivnosti uzrokovali su kelirajući agensi, dok je djelomična inhibicija pokazana sa sulfhidrilblokirajućim reagensima. Kinetička mjerenja pokazala su da CaDPPIII kao supstrat preferira Arg2-2NA kao i drugi okarakterizirani enzimi ove porodice. U usporedbi s humanim, kvaščevim i enzimom iz Bacteroides thetaiotaomicron, Km enzima CaDPPIII je znatno veći, dok je konstanta brzine reakcije prvog reda koja odgovara pretvorbi supstrata u produkt (kcat) usporediva s istom konstantom enzima iz B. thetaiotaomicron. Dobiveni rezultati potvrđuju da je protein CaDPPIII član porodice DPPIII.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija, Biologija, Interdisciplinarne prirodne znanosti

POVEZANOST RADA