Naslov
Molekularna karakterizacija kvazivrsta hrvatskih izolata virusa hepatitisa A
(Molecular characterization of Hepatitis A virus quasispecies from Croatian isolates)

Autori
Kuzle, Josipa

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
28.09

Godina
2020

Stranica
57

Mentor
Černi, Silvija ; Grgić, Ivana

Ključne riječi
mutacije, populacijska struktura, sekvenciranje, SSCP
(mutations, population structure, sequencing, SSCP)

Sažetak
Virus hepatitisa A (HAV) jednolančani je RNA virus pozitivnog smisla iz porodice Picornaviridae i glavni uzročnik akutne bolesti jetre u svijetu. Broj zaraženih u Hrvatskoj porastao je u posljednjih nekoliko godina. Kao i ostali virusi s RNA-genomom, HAV ima tendenciju nakupljanja mutacija zbog brze replikacije i nemogućnosti popravaka pogrešaka enzima RNA- polimeraze ovisne o RNA. Zbog toga virusni izolati sadrže velik broj mutanata/genomskih varijanti, koje zajedno tvore tzv. kvazivrste. Varijante unutar kvazivrste mogu se razlikovati u svom patogenom potencijalu, no rutinske analize ne uključuju njihovu karakterizaciju. Gotovo nema literaturnih podataka o genskoj raznolikosti varijanti virusa HAV unutar pojedinih izolata te o prirodi prisutnih mutacija. Stoga je cilj ovog rada bio molekularno karakterizirati genomske varijante virusa HAV razdvojene kloniranjem, podrijetlom iz 13 pacijenata. Analizom hipervarijabilne regije genoma VP2-2A svakog uzorka obuhvaćeno je po 20 varijanti, koje su identificirane metodom SSCP i sekvencirane. Usporedbom virusnih mutanata s dominantnom populacijskom varijantom svakog uzorka utvrđena je brojnost i priroda mutacijskih događaja. Rezultati ukazuju na česte mutacijske događaje nasumično pozicionirane unutar analizirane regije. Detektiran je i visok postotak nesinonimnih mutacija, što može imati utjecaj na biološke karakteristike virusa. Kod pacijenata koinficiranih virusom HIV zabilježen je manji broj promjena na nukleotidnoj i aminokiselinskog razini u odnosu na ostale pacijente.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Biotehnologija u biomedicini (prirodno područje, biomedicina i zdravstvo, biotehničko područje)

POVEZANOST RADA