Naslov
IN VITRO TEST SPAJANJA KRAJEVA DNA (engl. in vitro DNA end-joining assay)
(IN VITRO DNA END-JOINING ASSAY)

Autori
Ema Bellulovich

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Split

Datum
18.09

Godina
2020

Stranica
39

Mentor
Šamanić, Ivica

Ključne riječi
in vitro test spajanja DNA krajeva, dvolančani lom DNA, stanični ekstrakt biljnog tkiva, plazmidi, restrikcijski enzimi, elektroforeza, NHEJ, MMEJ
(in vitro DNA end-joining assay, double-strand DNA breaks (DSBs), plasmid DNA, restriction endonuclease, electrophoresis, NHEJ, MMEJ)

Sažetak
U ovome radu opisan je in vitro test spajanja krajeva DNA, biokemijsko-molekularna metoda pomoću koje, koristeći stanični ekstrakt ili pročišćene proteine iz tkiva s ciljanom inaktivacijom ključnih gena uključenih u pojedine mehanizme popravka oštećenja DNA, možemo detektirati vrstu popravka dvolančanih lomova DNA. In vitro određivanje pojedine vrste mehanizma popravka spajanjem krajeva DNA (engl. end- joining) omogućuje kombinirani par polinukleotidnih sekvenci DNA koje završavaju slobodnim dvolančanim krajevima s mogućnošću ponovnog spajanja. Nakon inkubacije oštećene plazmidne DNA sa staničnim ekstraktima biljnog tkiva i na temelju analize strukture rekonstruiranih krajeva DNA elektroforezom u gelu agaroze, te određivanja slijeda nukleotida na mjestu spajanja pomoću reakcije PCR i sekvenciranja, moguće je procijeniti s kojom točnošću su se krajevi DNA povezali. Iz toga se može zaključiti radi li se o preciznom popravku „klasičnim“ nehomolognim spajanjem krajeva DNA (NHEJ), alternativnom načinu popravka krajeva (alt-EJ), ili pak mehanizmu spajanja krajeva potpomognutom mikrohomologijom (MMEJ), odnosno identificirati ključne proteine za pojedine procese.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA