Naslov
Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA
(Genome scaffolding based on HERA algorithm)

Autori
Jurić, Matija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
06.07

Godina
2020

Stranica
27

Mentor
Križanović, Krešimir

Ključne riječi
bioinformatika ; sekvenciranje ; genom ; algoritam HERA
(Bioinformatics ; sequencing ; genome ; HERA algorithm)

Sažetak
Današnji uređaji za sekvenciranje nemaju mogućnosti sekvencirati cijele genome, već samo pročitati manje dijelove koji se nazivaju očitanja uz prisutnost određene količine pogreške u procesu. Budući da je sastavljanje cijelog genoma na temelju takvih očitanja jedan od osnovnih zadataka u bioinformatici, potrebno je moći što bolje sastaviti cijeli genom te minimizirati količinu pogrešaka nastalih tijekom procesa sastavljanja. Alati za sastavljanje genoma u mogućnosti su sastaviti samo manje dijelove većih genoma što rezultira djelomično sastavljenim fragmentiranim genomima. Za poboljšanje takvih djelomično sastavljenih genoma koriste se dodatni alati. U ovom radu koristimo poboljšanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na tri osnovna koraka algoritma HERA: generiranje grafa preklapanja, generiranje staza kroz graf te odabir najboljih staza u grafu za generiranje sekvenci. Rezultati takvog pristupa rješavanja problema djelomično sastavljenog genoma prikazani su na testnim podacima sekvenci.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA