Naslov
Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima
(A Benchmark of Tools for Metagenomic Species Identification)

Autori
Lipovac, Josipa

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2019

Stranica
35

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Marić, Josip

Ključne riječi
metagenomika, Kraken, CLARK, MetaPhlAn2, ocjena alata
(metagenomics, Kraken, CLARK, MetaPhlAn2, benchmark)

Sažetak
Metagenomika jest relativno novo područje bioinformatike koje se bavi proučavanjem uzoraka preuzetih direktno iz prirode. Veliku primjenu ima u analizi i održavanju ljudskog zdravlja. U toj primjeni svoju ulogu igra sama identifikacija vrsta u metagenomskim uzorcima za koju se koriste alati kao što su Kraken, MetaPhlAn2 te CLARK. Za ispitivanje njihove funkcionalnosti osmišljena su dva različita testna skupa podataka, skup kratkih i skup dugih očitanja. Nakon simulacije tih testnih skupova, provela se klasifikacija uzoraka. Kraken se pokazao kao alat koji klasificira velik broj sekvenci, no točnost te klasifikacije mu je bila lošija. CLARK je klasificirao manji broj sekvenci, no točnost te klasifikacije bila je na visokoj razini. Kod alata MetaPhlAn2 klasificiralo se neznatno malo sekvenci, a daljnja evaluacija za taj alat je izostavljena

Izvorni jezik
Hrvatski

POVEZANOST RADA