Naslov
Modeliranje nekovalentnih interakcija u procesima solvatacije kvercetina i reorganizacije konformacije fragmenta U6 snRNA
(Modelling of non-covalent interactions in the processes of quercetin solvation and conformational reorganisation of a U6 snRNA fragment)

Autori
Mihaljević, Frano

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Farmaceutsko-biokemijski fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
12.07

Godina
2019

Stranica
34

Mentor
Pilepić, Viktor

Ključne riječi
Modeliranje ; Nekovalentne interakcije ; Kvercetin ; U6 ; RNA
(Modelling ; Non-covalent interactions ; Quercetin ; U6 ; RNA)

Sažetak
Istraživanja nekovalentnih interakcija na dva modela različitih biokemijski i biomedicinski važnih sustava: sustavu molekule i odgovarajućih aniona kvercetina s okolnim molekulama vode te promjena konformacije fragmenta U6 snRNA u vodi provedena su pomoću molekulsko dinamičkih i kvantno mehaničkih računskih metoda. Računalno modeliranje solvatacije (hidratacije) sustava molekule i odgovarajućih aniona kvercetina s okolnim molekulama vode provedeno je za sve strukture prisutne na fiziološkom pH pri čemu su te strukture smještene u kvadar ispunjen molekulama vode u periodičkim uvjetima. Na takvom modelu, provedeni su računi molekulske dinamike u vremenu od 20 ns, a iz dobivenih trajektorija izračunati su prosječni reducirani gradijenti gustoće i termalni fluktuacijski indeksi. Vizualna prezentacija dobivenih rezultata omogućila je analizu prosječnih nekovalentnih interakcija molekula kvercetina s fluktuirajućom okolinom molekula vode pri čemu je utvrđeno da je solvatni kavez molekula otapala (vode) oko karbonilnih i OH skupina kvercetina vrlo čvrst, slabiji oko B prstena te najslabiji ispod i iznad ravnine A i C prstena te se može pretpostaviti da je na tome mjestu sterički olakšan pristup reaktivnom radikalu u antioksidativnoj reakciji kvercetina. Računalno modeliranje sustava fragmenta U6 snRNA u vodi provedeno je za dvije različite konformacije koje se razlikuju u orijentaciji U80 koje su povezane s biološkom funkcijom tog fragmenta. Strukture su smještene u kvadar ispunjen molekulama vode u periodičkim uvjetima te su na takvom modelu provedeni računi molekulske dinamike u vremenu od 20 ns, a iz dobivenih trajektorija izračunati su prosječni reducirani gradijenti gustoće, termalni fluktuacijski indeksi te kvantno mehanički računi elektronske gustoće za reprezentativne strukture. Vizualna prezentacija dobivenih rezultata omogućila je detaljnu analizu prosječnih nekovalentnih interakcija baze U80 fragmenta U6 s fluktuirajućom okolinom koja uključuje ostale okolne baze, molekule vode i natrijeve ione tijekom procesa preklapanja u okviru reorganizacije konformacije fragmenta U6, pri čemu se utvrdilo da u cijelom procesu sudjeluju vodikove veze između baza i okolnih molekula vode te π- interakcije između baza.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

POVEZANOST RADA