Naslov
Promjena entropije metiloma kao pokazatelj epigenetičke deregulacije uzrokovane stresom ili malignom transformacijom
(The change in methylome entropy as an indicator of epigenetic deregulation caused by stress or malignant transformation)

Autori
Rožmanić, Carmen

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
02.11

Godina
2017

Stranica
29

Mentor
Vojta, Aleksandar

Ključne riječi
epigenetika ; entropija ; metilom ; stres
(epigenetics ; entropy ; methylome ; stress)

Sažetak
Koncept entropije prelazi granice teorijske fizike i može se proširiti na teoriju informacije, gdje je poznat kao Shannonova entropija i služi za kvantifikaciju informacijskog sadržaja poruke. Ovaj pristup može se iskoristiti za kvantitativnu procjenu varijacije metilacije DNA, koja predstavlja važan epigenetički mehanizam. Entropija sadržana u uzorku metilacije DNA (entropija metiloma) korelira sa starošću organizma, a promjene u metilaciji DNA povezane su i s kompleksnim bolestima koje prate starenje, kao što su metaboličke bolesti i rak. Djelovanjem stresa aktiviraju se obrambeni mehanizmi stanice koji su epigenetički uvjetovani. Do sada je pokazano da se epigenetičke promjene uzrokovane starenjem i malignom transformacijom odražavaju na informacijskom sadržaju, odnosno entropiji metiloma. U ovom diplomskom radu odabrani su prikladni setovi podataka iz javne baze podataka GEO, implementirana je metoda za određivanje entropije metiloma, određena je epigenetička dob uzoraka i testirana je hipoteza da su promjene uzrokovane raznim tipovima stresa na staničnoj razini analogne promjenama kod degenerativnih procesa kao što su starenje i maligna transformacija. Dobiveni rezultati nemaju statističku značajnost i ovim istraživanjem nije potvrđena postavljena hipoteza. Odabir setova podataka s većim brojem uzoraka ili određivanje entropije posebno odabranih CpG mjesta koja su specifično vezana uz stres bi moglo u budućim istraživanjima dati statistički značajne rezultate.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA