Naslov
Utjecaj točkastih mutacija na aktivnost i sekundarnu strukturu proteina Cas3 iz bakterije Escherichia coli
(The effect of point mutations on the activity and secondary structure of Cas3 protein in Escherichia coli)

Autori
Marta Pandžić

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
22.02

Godina
2019

Stranica
50

Mentor
Ivana Ivančić Baće

Neposredni voditelj
Dora Markulin

Ključne riječi
CRISPR-Cas, Cas3, temperatura
(CRISPR-Cas, Cas3, temperature)

Sažetak
Sustav CRISPR-Cas predstavlja važan mehanizam obrane prokariota od stranih molekula DNA i RNA. Sastoji se od lokusa CRISPR, kojeg čine ponavljajuće sekvence DNA između kojih se nalaze razmaknice porijeklom iz plazmida ili bakteriofaga, i geni cas. Transkripcijom lokusa CRISPR nastaje pre-crRNA iz koje procesiranjem nastaju crRNA komplementarne stranoj DNA ili RNA. Udruživanjem s proteinskim kompleksom proteina Cas, crRNA služe kao smjernica za prepoznavanje stranih nukleinskih kiselina. Kompleks Cascade dovodi protein Cas3 koji potom degradira ciljnu DNA. Cas3 sadrži nukleaznu i helikaznu domenu čijom aktivnošću štiti bakteriju od invazije stranom DNA. Aktivnost Cas3 ovisna je o temperaturi i primijećeno je da pri temperaturi od 35 °C dolazi do suptilne promjene u helikoidalnoj regiji pročišćenog proteina Cas3 te gubitka zaštitne aktivnosti sustava CRISPR-Cas in vivo. U ovom radu cilj je bio uvođenjem točkastih mutacija u tri različite -zavojnice proteina Cas3 pronaći onu koja mijenja položaj i time utječe na aktivnost proteina. Praćenjem promjene sekundarne strukture proteina Cas3 u ovisnosti o temperaturi in vitro utvrđeno je da dvije -zavojnice nisu odgovorne za gubitak aktivnosti. Iz preživljenja faga λ rezultati ukazuju na mogućnost da je -zavojnica smještena najbliže nukleaznom centru odgovorna za promjenu aktivnosti proteina Cas3, a sačuvana je samo u proteinu Cas3 bakterije Escherichia coli.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA