аЯрЁБс>ўџ /1ўџџџ.џџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџьЅСG П‘ bjbjŽйŽй ьГьГ‘џџџџџџ]&&&&&&&VVVVV b VyЖz"В О2444444$/є# ЎX!&ЦЦЦXl&&zlllЦZ&&2:H&&&&Ц2lЦl2&&2n @L!7ѓФРVV L2}elimir Kurtanjek Structured modelling of microorganism metabolic network Faculty of Food Technology and Biotechnology University of Zagreb Pierottijeva 6, 10000 Zagreb, CROATIA  HYPERLINK mailto:zkurt@pbf.hr zkurt@pbf.hr 01 4605 294 }elimir Kurtanjek: predavanje na hrvatskom rad u zborniku na engleskom jeziku Key words: structured modelling, metabolic engineering, computer simulation This work presents the structured model of Saccharomyces cerevisiae metabolism based on kinetic data published by Steinmeyer and Shuler(1). The model is expressed as a set of stiff ODE equations with initial conditions. The equations correspond to mass balances of principal reactions corresponding to key metabolic pathways. The kinetic expressions are of Michaelis-Menten structure with inclusion of various modes of feedfarward and feedback activation and inhibition. The model accounts for a yeast cell assimilation of extracellular carbon, nitrogen, oxygen and amino acids. The balances are given in dynamic form, which enables simulation of transient metabolic behaviour under varying experimental conditions. Energy status of a yeast cell is expressed by pseudo energy charge model. Intracellular reactions are The computer model is based on a set of stiff nonlinear ordinary differential equations (ODE) with specified initial conditions. Applied is NDSolve numerical integration program for evaluation of the model equations and SingularValues algorithm for analysis of stoichiometric constraints imposed to intracellular reactions(2). The model is aimed to analysis of metabolism control. 1. D.E. Steinmeyer, M-L. Shuler, "Structured model for Saccharomyces cerevisiae", Chemical Engineering Science, 44 (9) 1989 2. J.S. Edwards, Rafael U. Ibarra, and Bernhard O. Palsson, “ In silico predictions of Escherichia coli metabolic capabilities are consistent with experimental data”, Nature Biotechnology 19 (2001) 125 &˜šавnpЎАВЪЬzЊS Z Ѓ Б  — š Ж И К   , j € ‚ ‘ ћјјѓыѓшѓцфццфццтцццт5H*60JjU jUmHCJ$mH $$&˜šј"nЮцш„† "Х Ц D E F G Ф Ž   ‘ §§§њњњњњњњјјјјјѕѕѕјјјяяјјј„7„Щ§$$$&˜šј"nЮцш„† "Х Ц D E F G Ф Ž   ‘ §§§А‚. АЦA!А"А# $ %АЗDаЩъyљКЮŒ‚ЊKЉ  zkurt@pbf.hrрЩъyљКЮŒ‚ЊKЉ (mailto:zkurt@pbf.hr [(@ёџ(NormalCJmH <A@ђџЁ<Default Paragraph Font*>@ђ*Title$CJmH(U@Ђ( Hyperlink>*B*8V@Ђ8FollowedHyperlink>*B* ‘џџџџ џџ‘‘ ‘ ‘ Зих‘Xџ€џџ _Hlt511703751у“ф“‘"%-.01:;AНЪЫеї5@ЊSZЃБЬкPZagŒ—пхїў &'+“U]ѕћ EF“џџXXA:\Sazetak PrimMath_2001.docXXA:\Sazetak PrimMath_2001.docXXQC:\DOCUME~1\ADMINI~1\LOCALS~1\Temp\AutoRecovery save of Sazetak PrimMath_2001.asdXXA:\Sazetak PrimMath_2001.docXXA:\Sazetak PrimMath_2001.docXXA:\Sazetak PrimMath_2001.docXXE:\Sazetak PrimMath_2001.docProf. Z. Kurtanjek)G:\Radovi\2001\PrimMath_01\Sazetak ZK.docProf. Z. Kurtanjek3C:\WINDOWS\TEMP\AutoRecovery save of Sazetak ZK.asdProf. Z. Kurtanjek3C:\WINDOWS\TEMP\AutoRecovery save of Sazetak ZK.asdџ@€EEфtрEE‘€€@G‡ŸTimes New Roman5€Symbol3& ‡ŸArial"qˆаh”bT†9tTЦ“bT†Tб"ЅРДД€>0d­џџ.Ivana Pleaa, Ivana Radoj i, }elimir KurtanjekXXProf. Z. Kurtanjekўџр…ŸђљOhЋ‘+'Гй0˜˜амшє , H T ` lx€ˆт/Ivana Pleša, Ivana Radojшiц, Želimir Kurtanjek0vanXXnXnNormallProf. Z. KurtanjekR6ofMicrosoft Word 8.0R@јМ @ђї9)УР@8Л])УР@Fb(ѓФРўџеЭеœ.“—+,љЎDеЭеœ.“—+,љЎ\ hp|„Œ” œЄЌД М їтPBFj /Ivana Pleša, Ivana Radojшiц, Želimir Kurtanjek Title(RZВ _PID_GUID _PID_HLINKSтAN{0EE59FF0-B3F6-4780-81B6-54936F40A087}A`_gmailto:zkurt@pbf.hr ўџџџўџџџўџџџ !"#$%ўџџџ'()*+,-ўџџџ§џџџ0ўџџџўџџџўџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџRoot Entryџџџџџџџџ РFрTvянФР€†7ѓФР2€Data џџџџџџџџџџџџ1TableџџџџWordDocumentџџџџSummaryInformation(џџџџџџџџџџџџDocumentSummaryInformation8џџџџџџџџ&CompObjџџџџџџџџџџџџjџџџџџџџџџџџџўџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџўџ џџџџ РFMicrosoft Word Document MSWordDocWord.Document.8є9Вq