Naslov
Primjena strojnog učenja u metagenomici
(Application of machine learning in metagenomics)

Autori
Tušek, Robert

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
04.07

Godina
2018

Stranica
45

Mentor
Domazet-Lošo, Mirjana

Ključne riječi
bioinformatika ; metagenomika ; ljudski mikrobiom ; strojno učenje ; slučajna šuma ; mreže potpornih vektora ; „glasajući atributni intervali“ ; umjetne neuronske mreže ; ROC krivulje ; unakrsna provjera
(bioinformatics ; metagenomics ; human microbiome ; machine learning ; Random Forest ; Support Vector Machines ; Voting Feature Intervals ; Artificial Neural Networks ; ROC curves ; cross validation)

Sažetak
Razvojem metoda shotgun sekvenciranja postoji sve više istraživanja koja se bave s karakterizacijom ljudskog mikrobioma. Mikrobiom sadrži mnoge atribute koji karakteriziraju različite bolesti. Korištenjem postotaka pojavljivanja vrsta i specifičnih taksonomskih markera provodimo istraživanje koje se temelji na strojnom učenju. Podaci su skupljeni iz osam velikih metagenomskih studija od kojih je šest studija razmatrano u ovom radu. Upotrebljavamo više različitih klasifikatora i unakrsnu validaciju kako bi provjerili potencijal za predikciju bolesti na temelju mikrobioma. Dobiveni rezultati varirali su od klasifikatora do klasifikatora, a na nekim skupovima su ostvareni bolji rezultati nego na ostalima. Na temelju rezultata izvodimo zaključke o korištenju strojnog učenja za slične studije.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA