Pregled bibliografske jedinice broj: 948615
Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja
Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja, 2018., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
CROSBI ID: 948615 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja
(The assessment of the expected genome assembly completeness from available reads)
Autori
Fureš, Matej
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski
Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Mjesto
Zagreb
Datum
03.07
Godina
2018
Stranica
21
Mentor
Šikić, Mile
Ključne riječi
C++, Minimap, Gepard, mapiranje, očitanje, graf, BFS, algoritam, Python, bash
(C++, Minimap, Gepard, maping, read, graph, BFS, algoritm, Python, bash)
Sažetak
Zadatak završnog rada alat je za provjeru mogućnosti sastavljanja genoma za dani skup očitavanja. Alat se radi u svrhu validacije skupa očitanja prilikom sastavljanja genoma te izačuna omjera duljina novo sastavljenog slijeda i početne reference. Problem je riješen korištenjem programskog jezika C++ te alata Minimap i Gepard. U samom programu korišteni su algoritmi Sweep line i BFS za filtraciju podataka, odnosno za obilazak grafa. Implementirano je rješenje zadovoljavajuće riješilo zadani problem, a njegova poboljšanja mogla bi se napraviti drugačijim parametrima pri ocjenjivanju kvalitete mapiranja ili korištenjem drugih alata.
Izvorni jezik
Hrvatski
