Pregled bibliografske jedinice broj: 948600
Brzo pretraživanje sličnih proteinskih sljedova
Brzo pretraživanje sličnih proteinskih sljedova, 2018., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
CROSBI ID: 948600 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Brzo pretraživanje sličnih proteinskih sljedova
(Fast protein sequence similarity search)
Autori
Babojelić, Dario
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski
Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Mjesto
Zagreb
Datum
03.07
Godina
2018
Stranica
22
Mentor
Šikić, Mile
Ključne riječi
bioinformatika, heuristički algoritmi, baza proteinskih sljedova
(bioinformatics, heuristic algorithm, protein database)
Sažetak
Pretraga baza proteinskih sljedova jedan je od glavnih problema bioinformatike. Do sada su razmatrane razne determinističke i heurističke metode za rješavanje ovog problema. Determinističke metode daju optimalne rezultate, ali su vrlo spore. Heurističke metode mnogo su brže, ali ne pronalaze optimalne rezultate. Eksponencijalni rast broja proteinskih sljedova prisilio nas je da više istražujemo heurističke metode. U ovom radu predstavljamo heuristički algoritam za efikasno pretraživanje baze proteinskih sljedova. Algoritam je implementiran u dva koraka. U prvom koraku koristimo heurističku metodu predstavljenu u radu [4] kako bi znatno smanjili prostor pretrage. U drugom koraku koristimo OPAL [10], knjižnicu koja nam pruža implementacije algoritama optimalnog poravnanja.
Izvorni jezik
Hrvatski
