Naslov
Računalno istraživanje vezanja strukturnih derivata azitromici-na u peptidil-transferazni centar velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichia coli
(Computational study of interactions between azithromycin derivatives and peptidyl- transferase center of Escherichia coli ribosome)

Autori
Čorak, Nina

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2018

Stranica
88

Mentor
Bertoša, Branimir

Ključne riječi
rezistentni bakterijski sojevi, makrolidi, molekulsko uklapanje, Monte Carlo konformacijska analiza
(antibiotic resistant bacteria, macrolides, molecular docking, Monte Carlo conformational search)

Sažetak
U sklopu ovog diplomskog rada istražene su interakcije između 10 različitih azitromicinskih derivata i veznog mjesta PTAR-a (engl. peptidyl transferase-associated region) velike podjedinice ribosoma bakterije Escherichia coli s ciljem dizajniranja novih, potencijalno efikasnih antibiotika. Vezanje azitromicinskih derivata u veznog mjesta PTAR-a istraženo je s pomoću računalnih metoda mole- kulskog uklapanja i Monte Carlo konformacijske pretrage. Prije računalnog istraživanja interakcija azitromicinskih derivata i veznog mjesta PTAR-a, konformacijski prostor svakog od 10 liganada pret-ražen je Monte Carlo algoritmom uz 4 različita modela otapala. Najpovoljniji konformeri pronađeni u svakom od modela otapala, kao i konformeri koji najbolje reprezentiraju grupe dobivene klaster ana- lizom, korišteni su kao početne strukture prilikom istraživanja interakcija vezanja liganada u vezno mjesto PTAR-a. Rezistencijski mehanizmi patogenih bakterija otežavaju primjenu makrolidnih antibiotika u kliničkoj praksi. Jedan od najčeščih oblika rezistencije koji nalazimo kod bakterijskih patogena je dimetilacija A2058 ili A2058G supstitucija unutar 23S rRNA. Temeljem provedenog računalnog istraživanja vezanja liganada u PTAR velike podjedinice prokariotskog ribosoma utvrđeno je da se ligand D efikasno veže u PTAR i u prisutnosti dimetiliranog A2058 što bi moglo značiti efikasnu primjenu ovog spoja i kod sojeva koji su razvili rezistenciju putem dimetiliranja A2058. Štoviše, ligand D u PTAR-u s dimetiliranim A2058 ima nižu energiju vezanja nego ligand D vezan u PTAR s A2058 koji nije metiliran. Efikasno vezanje liganda D uzrokovano je prvenstveno hidrofobnim inte- rakcijama koje makrolaktonski prsten stvara s aminokiselinama Lys 90, Lys 91 i Arg 92, te s nukleo-tidom A751. Navedeni aminokiselinski i nukleotidni ogranci grade izlazni kanal PTAR-a te stoga spomenute interakcije predstavljaju potencijalno efikasni način blokiranja izlaznog kanala PTAR-a.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija, Biologija

POVEZANOST RADA