Naslov
Mehanizam redukcije HMG-CoA katalizirane ljudskom HMG-CoA reduktazom
(The Mechanism of Reduction of HMG-CoA Catalyzed by Human HMG-CoA Reductase)

Autori
Mihaljević-Jurič, Paula

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Odjel za kemiju

Mjesto
Osijek

Datum
05.07

Godina
2018

Stranica
104

Mentor
De Sousa, Sergio Filipe Maia ; Medvidović-Kosanović, Martina

Ključne riječi
B3LYP, DFT, HMG-CoA, HMG-CoA reduktaza, ljudska HMGR, ONIOM, QM/MM
(B3LYP, DFT, HMG-CoA, HMG-CoA reductase, human HMGR, ONIOM, QM/ MM)

Sažetak
Redukcijski mehanizam HMG-CoA katalizirane ljudskom HMG-CoA reduktazom ispitivan je QM/MM (ONIOM) metodom. Sustav je podijeljen na dva dijela gdje se aktivno mjesto tretiralo kvantnom mehanikom (DFT, B3LYP), a ostatak enzima s klasičnim metodama molekularne mehanike. Istraživana su tri različita modela drugog hidridnog prijelaza mehanizma s različitim protonacijskim stanjima katalitičkih amino kiselinskih ostataka. U aktivnom mjestu nalazio se NADPH kofaktor, mevaldehid substrat te glutamat, lizin, aspartat i histidin (Glu98, Lys639, Asp715 i His405). Metodom molekularne dinamike (MD) dobila se najpovoljnija konformacija početne kristalografske strukture, koja se koristila u svim daljnjim simulacijama. U prvom modelu glutamta i aspartat su bili deprotonirani, lizin je bio protoniran, a histidin dvostruko protoniran, dok je u drugom modelu histidin bio protoniran, a u trećem modelu lizin deprotoniran.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

POVEZANOST RADA