Naslov
Primjena skrivenih Markovljevih modela za pretraživanje nukleotidnih sljedova
(Application of Hidden Markov Models for Searching Nucleotide Sequences)

Autori
Medvidović, Krešimir

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
04.07

Godina
2017

Stranica
27

Mentor
Domazet-Lošo, Mirjana

Ključne riječi
bioinformatika, Markovljevi modeli, skriveni Markovljevi modeli, CpG otoci, Viterbijev algoritam, nukleotidni sljedovi
(bioinformatics, Markov process, Hiden Markov Models, CpG Island, Viterbi algorithm, nucleotide sequences)

Sažetak
U ovom radu sam se pobliže upoznao s Markovljevim modelima i njihovom primjenom u bioinformatici. Nakon definiranja CpG otoka i skrivenih Markovljevih modela primjenio sam Viterbijev algoritam za pretragu CpG otoka u danom slijedu. Implementaciju sam napisao u programskom jeziku Java, te sam obavio testiranja ispravnosti programa, mjereći potrebno vrijeme i potrošnju radne memorije za izvođenje Viterbijevog algoritma. Dobiveni rezultati su u okvirima odstupanja od 10% u odnosu na promatrane programe CpG Islands (in VB6) i Sequence Manipulation Suite:CpG Islands.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA