Naslov
Programska podrška za usporedba genoma eukariota
(Software for Comparing Eukaryotic Genomes)

Autori
Sente, Toni

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
04.07

Godina
2017

Stranica
32

Mentor
Domazet-Lošo, Mirjana

Ključne riječi
Usporedba genoma ; MUMmer
(Genome alignment ; MUMmer ;)

Sažetak
U radu je ukratko opisan problem usporedbe i poravnanja dva genoma te je predložen efikasan algoritamski postupak za usporedbu i poravnanje koje koristi napredne strukture za indeksiranje teksta poput sufiksnog polja te Burrows-Wheelerove transformacije i tehniku dinamičkog programiranja za optimalno stvaranje niza najduljeg rastućeg podniza te lokalno poravnanje dijelova genoma korištenjem Smith-Waterman algoritma. Pri tome je detaljnije opisan svaki korak algoritma te vremenska i memorijska složenost kako pojedinog dijela algoritma, tako i cjelokupne implementacije. Konkretna implementacija programa izvedena je korištenjem programskog jezika Python 3, te je program uspoređen sa već postojećim programskim rješenjima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA