Naslov
Hibridni pristup kod sastavljanja genoma de novo
(Hybrid de novo genome assembly)

Autori
Franjić, Marko

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
05.07

Godina
2016

Stranica
34

Mentor
Domazet-Lošo, Mirjana

Ključne riječi
genom ; hibridno sastavljanje ; sekvenciranje ; očitanja ; korijenska očitanja ; regrutiranje očitanja ; asembliranje ; statistička analiza
(genome ; hybrid assembly ; sequencing ; reads ; seed-reads ; reads recruitment ; sequence assembly ; statistical analysis)

Sažetak
Slaganje genoma postupak je kojim se bavi interdisciplinarna disciplina bioinformatika. Glavni koraci su sekvenciranje genoma u očitanja, algoritamska razrada problema, asembliranje te obrada dobivenih podataka. U radu se izrađuje programsko rješenje koje nastoji prikazati postupak hibridnog sastavljanja genoma od samih generiranja očitanja, preko njihove algoritamske obrade, pa sve do asembliranja u jedan niz. Početna se očitanja virtualno generiraju po uzoru na dvije suvremene tehnologije, Oxford Nanopore MinION te Illumina. Dodatno, u drugom djelu rada provodi se statistička analiza koja rezultira optimalnim parametrima korištenja programa. Na kraju su objašnjene sličnosti i razlike između ovog programskog rješenja i programa NaS koji se temelji na istom hibridnom de novo principu sastavljanja genoma.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA