Naslov
Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori
(The influence of phosphate on confromation change of the active sites of purine nucleoside phosphorylase from Helicobacter pylori bacteria)

Autori
Bošnjaković, Marta

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
12.03

Godina
2018

Stranica
59

Mentor
Štefanić, Zoran ; Balen, Biljana

Ključne riječi
humani patogen, pročišćavanje proteina, kristalizacija proteina, rentgentska strukturna analiza, heksamerni protein
(human pathogen, protein puification, protein crystalisation, X-ray diffraction, hexamer protein complex)

Sažetak
Hp-PNP (purinska nukleozidna fosforilaza iz Helicobacter pylori) je ključni enzim pomoćnog metaboličkog puta purina u bakteriji H. pylori. Katalizira fosforolitičko cijepanje glikozidne veze u purinskim nukleotidima. Protein je homoheksamer sa 6 aktivnih mjesta u dvije moguće konformacije: zatvorenoj (neophodnoj za odvijanje katalize) i otvorenoj. Cilj rada je bio provjeriti dolazi li do vezanja fosfata (jednog od dva supstrata Hp-PNP) u aktivna mjesta enzima, namakanjem kristala u otopinama s rastućom koncentracijom fosfata i utjecaj tog vezanja na konformaciju aktivnog mjesta. Opisan je postupak transformacije bakterija Escherichia coli vektorom s ugrađenim deoD genom za Hp-PNP protein, prekomjerna ekspresija, pročišćavanje kromatografskim metodama, mikrokristalizacijski eksperimenti, te određivanje i utočnjavanje strukture proteina metodom rendgenske difrakcije. Određene su dvije strukture dobivene iz različitih koncentracija fosfata. U strukturi s višom koncentracijom fosfata došlo je do vezanja fosfata u 5 od 6 aktivnih mjesta, ali niti u jednom nije došlo do zatvaranja aktivnog mjesta. U strukturi s nižom koncentracijom fosfata nije došlo do njegovog vezanja i također su sva aktivna mjesta ostala otvorena. Ove strukture su prve određene strukture Hp-PNP u kojima vezanje fosfata nije dovelo do promjene konformacije, čime je pokazano da to nije dovoljan uvjet za zatvaranje aktivnog mjesta kod Hp-PNP enzima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija, Biologija

POVEZANOST RADA