Pregled bibliografske jedinice broj: 924540
Mehanizam hidrolize peptidne veze na modelnom sustavu DPP III iz Bacteroides thetaiotaomicron
Mehanizam hidrolize peptidne veze na modelnom sustavu DPP III iz Bacteroides thetaiotaomicron // Simpozij studenata doktorskih studija PMF-a : knjiga sažetaka / Primožič, Ines (ur.).
Zagreb: Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2018. str. 36-36 (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni)
CROSBI ID: 924540 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Mehanizam hidrolize peptidne veze na modelnom sustavu DPP III iz Bacteroides thetaiotaomicron
(Mechanism of the peptide bond hydrolysis in the model active site of Bacteroides thetaiotaomicron DPP III)
Autori
Tomin, Marko ; Tomić, Sanja
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni
Izvornik
Simpozij studenata doktorskih studija PMF-a : knjiga sažetaka
/ Primožič, Ines - Zagreb : Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2018, 36-36
ISBN
978-953-6076-43-7
Skup
Simpozij studenata doktorskih studija PMF-a
Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 09.02.2017
Vrsta sudjelovanja
Poster
Vrsta recenzije
Domaća recenzija
Ključne riječi
dipeptidil-peptidaza III ; DPP III ; reakcijski mehanizam ; QM ; peptidaza
(dipeptidyl peptidase III ; DPP III ; reaction mechanism ; QM ; peptidase)
Sažetak
Dipeptidil-peptidaza III (DPP III) je o cinku ovisna metalopeptidaza koja otcjepljuje dipeptide s N-terminusa svojih supstrata. Obzirom na široku supstratnu specifičnost te prisutnost u citosolu pretpostavlja se da sudjeluje u završnim koracima razgradnje proteina u stanici. U viših organizama povezana je s obranom od oksidativnog stresa, te je razumijevanje njene uloge kod oportunih patogena poput B. thetaiotaomicron (Bt) od potencijalnog kliničkog značaja. Modelni sustav sačinjen je od iona cinka, His448 i His453 te Glu476 koji koordiniraju atom cinka, Glu449 koji sudjeluje u hidrolizi, molekule vode te His533 i Tyr309 koji stabiliziraju supstrat. Polazna geometrija priređena je iz prethodno provedenih dugih MD simulacija BtDPP III u kompleksu sa sintetskim supstratom Arg2-naftil-2-amidom. Kao modelni supstrat korišten je CH3CO-Gly-NHCH3. Sustav je opisan korištenjem B97D funkcionala uz 6-31G(d) osnovni skup, dok je ion cinka u aktivnom mjestu opisan ECP skupom LANL2DZ. Ova se metoda pokazala uspješnom u prijašnjim radovima na humanom ortologu. Predloženi mehanizam pokazuje znatne sličnosti s onim određenim za humani enzim3, dok se razlike u energetskim barijerama kvalitativno poklapaju s eksperimentalno određenom slabijom katalitičkom aktivnosti DPP III iz B. thetaiotaomicron. Određivanje mehanizma hidrolize na modelnom sustavu služit će kao polazna točka za buduće kvantno-mehaničke/molekulsko mehaničke račune koji će u razmatranje uključiti cijeli enzim.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Kemija
POVEZANOST RADA
Projekti:
HRZZ-IP-2013-11-7235 - Povezanost fleksibilnosti, aktivnosti i strukture u porodici dipeptidil-peptidaza III (FlAcS) (Tomić, Sanja, HRZZ - 2013-11) ( CroRIS)
Ustanove:
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb
