Pregled bibliografske jedinice broj: 917533
Izbor reprezentativnog skupa membranskih proteina poznate strukture: razvoj poboljšanih algoritama uporabom koncepta nasumičnog modela
Izbor reprezentativnog skupa membranskih proteina poznate strukture: razvoj poboljšanih algoritama uporabom koncepta nasumičnog modela, 2018., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Odjel za fiziku, Split
CROSBI ID: 917533 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Izbor reprezentativnog skupa membranskih proteina poznate strukture: razvoj poboljšanih algoritama uporabom koncepta nasumičnog modela
(Selection of representative set of membrane proteins of known structure: development of improved algorithms using the random model concept)
Autori
Batista, Jadranko
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija
Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet, Odjel za fiziku
Mjesto
Split
Datum
05.01
Godina
2018
Stranica
176
Mentor
Lučić, Bono
Ključne riječi
algoritam ; integralni membranski protein ; izbor proteina ; matrica sličnosti ; nasumični model ; reprezentativni skup ; složenost strukture proteina ; transmembranski segment
(algorithm ; integral membrane protein ; selection of proteins ; similarity matrix ; random model, representative set ; protein structure complexity ; transmembrane segment)
Sažetak
Strukturu membranskih proteina osjetno je teže eksperimentalno odrediti nego strukturu topljivih proteina. Kako bi se razvio pouzdani model za predviđanje strukture proteina, potrebno je provesti njegovu optimizaciju na što većem (reprezentativnom) skupu membranskih proteina poznatih struktura, međusobnih sličnosti ispod 30%. Postojeći algoritmi za izbor reprezentativnih skupova integralnih membranskih proteina alfa vrste ne koriste informaciju o složenosti strukture, iako se očekuje da će modeli biti pouzdaniji ako su razvijeni na skupu proteina složenijih struktura. Stoga je uveden koncept nasumičnog modela s dvije sekundarne strukture i uočeno da je izraz za procjenu njegove točnosti u vezi sa složenošću strukture. Potom su razvijeni koncepti binomnog i segmentnog nasumičnog modela i izvedeni izrazi za broj mogućih realizacija modelne strukture proteina koji pokazuje analogiju s entropijom. Segmentni nasumični model odgovara strukturi membranskih proteina u kojima više susjednih aminokiselina čini segmente pravilne sekundarne strukture alfa. Broj realizacija modelne strukture segmentnog nasumičnog modela povezan je sa složenošću strukture, i pokazuje značajnu korelaciju s brojem transmembranskih segmenata. To je ugrađeno u razvijene algoritme, a najbolji je temeljen na originalnoj analizi broja zajedničkih susjeda između proteina u početnom skupu. Primjene tih algoritama na baze membranskih proteina poznate strukture daju veće reprezentativne skupove značajno složenijih struktura od onih iz literature.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Fizika, Kemija
POVEZANOST RADA
Projekti:
098-1770495-2919 - Razvoj metoda za modeliranje svojstava bioaktivnih molekula i proteina (Lučić, Bono, MZOS ) ( CroRIS)
Croatia - basic grant
MZO
Zaklada HAZU
Ustanove:
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb
Profili:
Bono Lučić (mentor)