Naslov
Dna2vec: vektorska reprezentacija k-torki različite duljine
(Dna2vec: vector representation of variable length k-mers)

Autori
Kutnjak, Mateo

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet Elektrotehnike i Računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
04.07

Godina
2017

Stranica
31

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
dna2vec, k-torke, sličnost, strojno učenje, neuronska, mreža
(dna2vec, k-mers, similarity, neural network, machine, learning)

Sažetak
Usporedba dijelova genoma obavlja se prilagođavanjem metode word2vec radu s k- torkama. Ispitivana metoda dna2vec ima omogućuje rad s varijabilnom duljinom ktorki u itervalu [3 ; 8]. Treniranje izvedbom Skip-Gram koja u obzir uzima kontekst genoma oko k-torke, dobija se pozicija k-torke u višedimenzionalnom vektorskom prostoru. Kosinusna udaljenost dvije vektorske reprezentacije k-torki daje mjeru njihove sličnosti. Ispitana je i dokazana korelacija kosinusne udaljenosti metodom dna2vec i rezultata algoritma Needleman-Wunsch za par k-torki. Dodatno su prodiskutirani razlozi dugotrajnog učenja te su predložena ubrzanja učenja te poboljšanje efikasnosi ispitanog modela.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA