Naslov
Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja
(Finding overlapping DNA reads)

Autori
Osrečki, Matija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
01.02

Godina
2014

Stranica
28

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
De novo sastavljanje genoma; FM-indeks; sufiks filtar
(De novo assembly; FM-index; suffix filter)

Sažetak
U vrijeme brzog razvoja tehnologija sekvenciranja DNA, sve je veća potreba za sastavljanjem istih. Ovaj rad se bavi implementacijom modernih metoda za otkrivanje preklapanja DNA očitanja kao dio OLC (engl. overlap–layout–consensus) pristupa problemu. Primjenom FM-indeksa baziranog na valićnim stablima i uporabom sufiksnog filtra za traženje kandidata preklapanja, napravljena je uspješna C++ implementacija. Iako originalno namjenjen za testiranje na PacBio očitanjima, rezultati su pokazali da je metoda prikladnija s manjom pogreškom.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA